《伤寒杂病论》以后的千余年历史中，中医在传染病方面虽然有所发展，但是， 不论在病因方面，还是传染病特点及治疗等方面，都没有根本性的突破。直到金代 医家刘完素（约1110年－？）在治疗热性病方面主张用清凉法，后来明初医家王履 （1332－1391年）明确提出“温病不得混称伤寒”的见解，以大多医家从多方面对 热性传染病进行新的探索。在这之前，历代医家都把瘟病混同于伤寒，治疗了采用 “三日以前汗之，三日后下之”的方法，局限于《伤寒论》的樊篱，不论是南北朝 时期，或是隋唐五代，基本上如此。
明代的通商和交通较前发达，使传染病的规模不断扩大，由于许多医家仍然沿 用治疗伤寒的方法治疗传染病，疗效很差，结果“医者彷徨无措，病者日近危笃， 病愈急药愈乱”，“不知屠龙之艺虽成，而无所措，未免指鹿为马矣”。许多染上 温病的人“不死于病，乃死于医，乃死于圣经之遗亡也”。要改变这种状况，唯一 正确的道路就是立足实践，解放思想，摆脱《伤寒论》的束缚，提高中医对传染病 的病因等方面的认识。
（二）
明朝末年出现的大规模流行性传染病，给人们认识它的本质提供了条件。但是， 如果没有敢于冲破束缚的革新精神，仍然无法提高中医对传染病的认识。因此，只 有打破传统观念，勇于创新，才能推动中医学传染病理论的发展。
明末医家吴又可（1592－1672年？）在行医中深入观察瘟疫流行的特点，研究 病变的规律，认真总结前人的经验教训，善于创造性思维，摆脱中医学术上的僵化 思想，坚决反对理论脱离实际的风气，他经过系统地总结，提出了瘟疫病因学上的 新观点——戾气说，并著成中国医学史上关于传染病理论的专著《瘟疫论》。吴又 可在书中对病因、发病症状、传变过程和治疗原则及用药等方面进行了系统的论述， 发展了中医对流行性急性传染病的认识，并且把瘟病、瘟疫和伤寒截然分开。
吴又可之前的历代医家，都是从天气的异常来理解热性病的病源，而他经过长 期的探索后独树己见，在书中写道：“夫瘟疫之为病，非风、非寒、非湿，乃天地 间别有一种异气所感”，明确指出：“伤寒与中暑，感天地之常气，疫者感天地之 疠气”，“然此气无象可见，况无声复无臭”，精辟地概括出来戾气的特点，即人 的肉眼看不见但存在于自然界的物质。而且指出它有多种类型，“众人有触之者， 各随其气而为诸病焉”，不同戾气所引起的瘟疫种类各异，揭示了戾气具有特异性。 另外，论述了戾气具有偏中性特点，“牛病而羊不病，鸡病而鸭不病，人病而禽兽 不病”，吴又可的这一论述与现代医学中的“种属感受性”或者“种属免疫性”概 念是很接近的。戾气说把中医外科的某些疾病，如疔疮、痈疽、丹毒等的病源归结 为杂气。吴又可提出戾气说的时代，既没有显微镜，也没有微生物学说，中医水平 还处于经验升学阶段， 他提出的这一比较科学的设想，比西方医学家李斯特（L． Lister，1827－1912年）关于外科术后感染是微生物所致的发现，早二百多年。所 以说，吴又可的戾气说是中医传染病学上的卓越贡献，是中医学术思想上继承与突 破相结合的成果。
吴又可总结出瘟疫流行的主要特点，一是大流行，二是散发性。突破了以前医 学经典中关于传染病的论述，对诊断瘟疫及其预防具有重要作用。关于瘟疫的发病 特点，他指出瘟疫既不同于一般外感病的表证，也没有里证的表现，而是憎寒壮热， 脉不浮不沉而数，瘟病初起，侵入膜原。因此，在治疗方法上主张急证急攻，逐邪 为首；并且重视攻下，补泻兼施，他所创用的方剂“达原饮”等具有独特的疗效， 至今对某些急性传染病均有较好的效果。更可贵的是，吴又可设想如果找到制报戾 气的特效药，一种药治一种病，那样则不必配制方剂，可以减少许多琐事，一般的 处方用药完全可以总废除。
由于吴又可对传染病的病源有了比较科学的认识，因而对发病规律做出了比较 正确的解释。他在《瘟疫论》中指出传染途径有两个，一是来自自然环境，二是人 与人之间的传染，侵入人体的途径则是自口鼻而入；并且认识到人体抵抗力的强弱 与是否发病有关。
吴又可提出的戾气说和他的《瘟疫论》，反映出独到的见解与创新精神。他把 温病、瘟疫和伤寒明确加以区分，对疾病的传变上完全摆脱了六经传变的传统说法， 认为疫邪从口鼻侵入人体，伏于“募原”，之后以九种不同方式向“表”或“里” 传变；并提出治疗瘟疫的新设想，揭开了中医传染病学史上的新篇章。这在当时的 历史条件下，是非常可贵的。他的戾气说出现后，使中医领域墨守陈规的学术风气 受到一次猛烈冲击，引起一些思想保守的医家极为不满，把富于创新的成就看成是 离经叛道的行为。比如，清代的医家陈念祖(1736－1820年)曾指责吴又可的新理论 是“创异说以欺人”，不仅如此，他还对吴又可以前的所有进步的医家及医学上的 成就全盘否定。陈念祖在《神农本草经读》一书中说：“唐宋以后，诸家异说盛行， 全违经训” ，极力反对中医学的革新。这种否定和攻 击在学术思想上代表了保守 势力。另外，清代中医学术界对吴又可的新理论不够重视，伤寒派一直坚持伤寒包 括温病（一般热性传染病），认为只要学好《伤寒论》的理、法、方、药，就可以 治疗温病。乾隆年间以后发展起来的温病派，则认为伤寒与温病是两种不同的疾病， 而且古代伤寒多而温病少，认为伤寒为寒邪所致，温病则由温、暑、燥、湿等不同 邪气所引起，所以，强调伤寒与温病不同。现在看来，两个学术派别的争论不过是 对一般热性传染病的认识和理解不同罢了。所谓温病学说，在对一般热性传染病传 变过程的认识和治疗方面，比《伤寒论》前进了一步。但是，戾气说在中医传染病 病因学方面的意义并没有得到应有的重视，温病派不敢公开提出的关于治疗温疫的 特效药设想，也被无声地埋没了。如果他对传染病的一系列比较科学的认识和大胆 设想能够得到继续发展，中医学在传染病方面完全有可能进行现代科学的发展阶段。