① 《太平天国文书汇编》，页75-77。
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首先，洪秀全的皇权观念与家天下意识极度膨胀，迅速提升自己的儿子、女婿，位阶置于洪仁玕、陈玉成、李秀成之上。这些亲贵少不更事，根本没有能力和经验参政，权力遂旁落洪仁发、洪仁达之手。他们贪劣愚顽，排斥洪仁玕、李秀成等，使朝政复遭败坏。为了推行家天下的政治，洪秀全一面滥封王爵，借以收回李秀成兄弟之权，分化其势力；一面竭力以拜上帝教神化自己，借上帝的神权治理太平天国，驾驭地方诸王。
其次，陈玉成死后，李秀成兄弟统兵百万，据有苏浙基地，屡次与中央抗衡。而且借揭露和攻击洪仁发、洪仁达乱政为名，一再指控中枢决策。甚至拥兵自重，拒不援救天京。这样，洪、李二氏的限制与反限制斗争成为天国后期上层权力结构中的主要冲突，导致政治和军事战略上的严重分裂。上层权力斗争影响和波及到不少将领。曾国藩看出这一乱象，指出：太平军各部"不甚服从伪天王、忠王之调度"。"各争雄长，苦乐不均，败不相救。"①因此，当湘军大举进攻时，太平天国不能团结一致，抗御顽敌，终于被湘军各个击破，天国也加速覆亡。
洪仁玕处在两难的困境。一方面，他忠于天国和天王，满怀忧患和使命意识，愿意竭尽心力和生命，保卫天国大业；一方面，他受到洪、李二氏的排斥。洪仁发等亲贵对新政的任人唯贤、立法治国等改革十分恼怒，把洪仁玕视为擅权障碍，亟欲排斥而夺权干政；李氏兄弟则视洪仁玕为洪氏亲贵，反对新政强化中央集权。洪仁玕终于在夹击中退出权力核心。洪秀全因天京被湘军围攻，强令李秀成率军援京，1861 年秋冬在雨花台发生激战，两军攻守46 天。由于太平军缺乏持久战争的物质准备，诸王暮气日深，战斗力削弱，因而李秀成信心不足，竟在未决胜负后匆匆收兵。天京之围更形严密，洪仁玕的心情也更加沉重和痛苦。
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① 《曾文正公全集》，《奏稿》卷8，《沿途察看军情贼势片》。
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洪秀全因雨花台战役未能破围归罪于李秀成，遂将其革爵，并令李秀成渡江进军皖北，是为"进北攻南"战役。由于李秀成缺乏信心，牵挂苏杭基地的危局，行动延宕。而且皖北久经战火破坏，将士缺衣少粮，饥寒交迫。湘军处处设防，阻滞太平军攻势。因此，"进北攻南"未能奏功。1863 年夏太平军撤军东返，但在浦口南渡时遭到湘军水陆堵截，伤亡沉重。天京战局更加危急。洪秀全寝食难安，焦虑成疾，预感将不久于人世。而幼主只是一位15 岁的少年，实难控御全局，综理军政。朝中权贵洪仁发之流，贪劣乱政有余，辅佐治国无能。李秀成兄弟手握重兵，颇有割据称雄之势，已与洪仁发之流势若水火。洪秀全很难指望这两股势力能够忠诚有力地辅助幼主安邦治国。因此，他把希望寄托在被自己冷落多时的族弟身上。于是，洪秀全预下遗诏，向洪仁玕托孤，犹似当年刘备托孤诸葛亮。洪仁玕一腔忠心热血，毫不计较个人恩怨，毅然受命扶持幼主，再次登上天国政坛，领导保卫天国的壮烈斗争。
1863 年12 月，湘军切断天京补给线，"内外不通，无粮善众"，"国库无存银米"，①形势空前严峻。洪秀全盼援心切，诏令洪仁玕出京组织援京兵团。洪仁玕风尘仆仆，奔赴皖南、江西、浙江等各战区，劝诸王协调援京。但各路太平军"惮于无粮，多不应命"。洪仁玕无可奈何，只好留在安徽广德一带，等待时机，准备援京。他深知前途暗淡，"安庆之失，天京已危，及苏州一陷，得救之望绝少矣。"②但仍然怀着忠诚和职责，继续协调京外诸王，坚守皖、浙、赣等省基地，策应天京保卫战。
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① 《李秀成自述》,《太平天国文书汇编》，页535。
② 《洪仁玕自述》，《太平天国文书汇编》，页577。
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可是，洪仁玕的努力未能实现。 1864 年7 月19 日湘军攻陷天京。太平军将士粮尽援绝，面对凶残的湘军，展开殊死的血战，为保卫天国而献身。李秀成乘着巷战之机，保护幼主，乔装清军冲击天京城。湘军发觉后迅速追堵，李秀成将自己战马让给幼主乘骑，使之逃出追堵，流亡高淳东坝。可是，李秀成却因失去战马滞留京郊农家，被奸民出卖，落入敌手，未久，被曾国藩杀害。洪仁玕闻讯，立即驰赴东坝，专程迎接幼主，返回广德，与堵王黄文金会合。幼主封洪仁玕为军师，主持军政。8 月29 日，洪仁玕携幼主大会皖南诸王，商讨大计，决心继续举起太平天国义旗，动员与整合太平军余部，重新恢复和振兴天国大业。是时，太平军余部尚有数十万人，转战在大江南北。遵王赖文光、鲁王任化邦、梁王张宗禹等统率的捻军与太平军，活跃在陕西与中原地区，成为新的反清武装中心。侍王李世贤，康王汪海洋等部早经"入赣征粮"，转战江西腹地，威胁湘军后方。洪仁玕等会议决策："因湖州粮乏军单，恐难建都立业，故议到建昌、抚州等处，会合侍王、康王往湖北，再会翼王、扶王等大队。"①这样，实现余部大统合，达成复国的目标。于是，洪仁玕与皖南诸王制定了转进江西的行军计划，拥戴幼主，自湖州撤转皖南之广德州。
洪仁玕、黄文金等扶携幼主继续西行，湘军则跟踪追击。沿途不断接仗，太平军损失流散严重。1864 年9 月3 日，在宁国县与湘军发生激战，黄文金不幸重伤，旋即去世。皖南太平军主力亦大部损折。洪仁玕悲恸欲绝，但他重任在肩，"前承诏旨顾命，自宜力扶幼天王"。因此，他与皖南诸王收容和整顿残部，迅速撤入江西。岂知李世贤、汪海洋已在此前被湘军鲍超部击溃，撤转赣南。会师计划遂告搁浅。洪仁玕一行不敢深入江西腹地，遂循赣浙边界南进，试图转进福建，因湘军席宝田部紧逼追击，太平军日夜兼程，饥疲不堪，于10 月9 日抵石城县杨家牌驻扎暂歇。洪仁玕疏于防范，席室田乘虚夜袭，太平军"黑夜惊营，君臣失散"，卒被湘军歼灭。①洪仁玕被俘，幼主则逃逸流亡，直至10 月25 终为湘军俘获。
洪仁玕对自己的大意疏防痛悔不已，慨叹"此诚予之大罪也"。②他深知会集与统合余部、谋求复国的目标在近期内难以实现了，自己没有完成天王的顾命托孤重任，不仅丢失了幼主，而且丧失了复国机遇。他自忖不如诸葛亮，尚有一番作为，只能效法文天祥，成仁取义，为国捐躯，"留取丹心照汗青"。
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① 《洪仁玕自述》，《太平天国文书汇编》，页547。
① 《洪仁玕自述》，《太平天国文书汇编》，页547。