洪仁玕自幼对洪秀全十分崇拜，相隔数年中，更是思念甚殷。他自己"不避艰险"②，来到天京投奔族兄，原来只想"奏明家中苦难，聊托恩荫以终天年"，③却未料到被天王推为军师，权位在原来五军主将之上。洪仁玕心中"恐诸将不服"，屡辞未获恩准"，只好接受重任，"竭力效忠，以报知遇之恩"。④他深知自己缺乏战功和资历，在治国理政时必然会遇到困难和挑战，只能和衷团结，忠勤理事，为天王分担重任。
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① 《李秀成自述》，《太平天国》（二），页830。
① 洪仁玕《英杰归真》，《太平天国》（二），页569。
② 《资政新篇》,《太平天国》（下）、页678。
③ 《洪仁玕自述》，《太平天国》（二），页843。
④ 《洪仁玕自述》，《太平天国》（二），页843。
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为了树立洪仁玕的威信，洪秀全为族弟举行隆重的授印仪式，以平息京内外文武的"不服之色"。洪秀全当众在天台宣布洪仁玕总理朝政，下令"凡京内不决之事问于干王，京外不决之事问于英王"，郑重将大印授于洪仁玕。洪仁玕受印以后，对参拜之众发表政见，强调要恢复东王生前各项合理制度和措施，整合政事人心，开创新的政局。他的演说切中时弊，对策合理，颇得文武百官赞同。洪仁玕称："众人见小的万人之前谈论不错，就称小的为文曲星。"⑤受命之后，洪仁玕开始总理朝政，并参与太平天国中枢决策。天京事变后，首义诸王从政治舞台上消失，提升辅臣的蒙得恩等原是天王家臣，缺乏才干和威望统合地方将帅，因此，中枢对地方的控制能力严重削弱。同时，洪秀全为了解救天京围困，不得不依恃地方将帅的力量，不断提升他们的职务和爵位，以致与蒙得恩相埒。地方将帅拥兵自重，控制一块地盘，掌握军政、财经和人事大权，形成割据态势，与中央隐然抗衡，导致外重内轻的政治格局。他们利用奖惩升贬权力培植自己的山头和派系势力，相互沟通串联，构成朋党之弊，对中央集权具有严重离心倾向。面对这一局势，洪仁玕深感忧虑，决心推行新政，革除弊端，亟欲使危机四伏的太平天国转危为安，重新振作，进而夺取全国性的胜利。
洪仁玕政治改革作为新政重点。当务之急则是要强化中央集权，消除地方割据分裂的苗头。他首先得到最大的实力派陈玉成的全力支持和配合。干王向全国正式发布新政諠谕，申明："开新朝必须新政，从前之妖习俱除，奉天命上合天心，此日之鸿规复整。"他特别强调了洪秀全的用人政策是："文武同科"，不分宗藩，只要奏捷建功，都会得到信用。藉以安抚人心，促进团结，"协力以慰真圣主苍生之望"。①同时，洪仁玕发布"立法制諠谕"，试图运用法律机制，整合紊乱政局。在《资政新篇》里，他系统地提出各项政治、经济改革方案，以引导天国政局由外重内轻的紊乱状态走向集中统一的制度化运作。
洪仁玕还注意思想意识的整合和教化，教育天国军民"敬天爱民，忠主孝亲"，克敌诱惑，才能树立必胜信念，战胜邪恶妖魔，"立见太平"。①同时，改革和规范科举制度，选拔知识分子参政，促进新政的推行。
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⑤ 《洪仁玕自述别录之二》。
① 《干王洪仁玕颁新政諠谕》，《太平天国文书汇编》，页96。
① 《干王洪仁玕克敌诱惑諠谕》.《太平天国文书汇编》，页103。
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洪仁玕在推行新政时，注意听取各方面的意见，择善而从，以保证改革的顺利进行。 1860 年，中国第一个留美学生容闳，也是洪仁玕在香港的旧识，来到天京，洪仁玕虚心垂询。容闳向他提出关于近代化的七条建议。洪仁玕深表赞同，表示"此时诸要人皆统兵在外，故必俟协议，经多数赞成，乃可实行也。"②看来，洪仁玕在总理朝政期间，与陈玉成、蒙得恩、李秀成等主要将帅重臣尽量和衷共济，尊重他们的意见，集体协商与决策，奏请天王批准。天国政治也一度转入良性运作。
自封洪仁玕为干王后，洪秀全"又见各旧功臣久扶其国。心不忿意"，"已知愧过，难对功臣"。二月之后，只得封陈玉成为英王，蒙得恩为赞王。李秀成颇有怨声，直到1859 年冬才被封为忠王，杨辅清、李世贤也相继封王。③后期诸王擢升后，颇有振奋之心，遂有二破江南大营之捷。
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② 容闳《西学东渐记》。