在《太平诏书》重刻本中，洪秀全着意删去了儒学经典书名篇目，并对初刻本所引孔孟之说，《诗》《书》之语以及为儒家所常称道而不合基督教义的古事，重刻本都尽行删削。
初刻本《原道救世歌》第二不正忤父母节，有"历山号泣天为动，鸟为耘只象为耕，尊为天子富四海，孝德感天夫岂轻"四句，第三不正行杀害节，有"是以先代不嗜杀??宠绥四方惟无相??夏禹位罪文献洛??"等六句，虽为儒家所常称道，因不合基督教义，均被删去。
初刻本《太平诏书》、《天条书》直接征引儒典经文共11 处，重刻本删去9 处，保留的只有《原道觉世训》2 处，并把这2 处的"孟轲云"、"《周易》云"均改为"古语云"。
初刻本《原道救世歌》中，"贤否俱循《内则》篇"，"《孝经》当明"、"《蓼莪》诗可读"等句，重刻本分别改作"贤否俱宜侍养虔"，"孝道当明"，"孝顺条当守"，均删去儒经书名篇名，实际上是对儒经的否定。
初刻本《原道觉世训》将"中国经史"、"番国圣经"并列，重刻本把"中国经史"改为"中国前代"，将其抽象化；把"番国圣经"改为"番国《旧遗》《新遗》"，将其具体化，这一改动一笔勾销了"中国经史"的真理地位，而凸显出《旧遗》《新遗》的真理权威地位。
3）激烈的武器批判：妖化孔孟，尽毁经书。
就实践层次考察，则远远超出删削儒学经典和惩罚孔子的范围。
太平军初期进军时，就把儒学文化机构和建筑作为暴力攻击目标，展开了激烈的武器的批判。他们破坏孔庙、捣毁学宫，攻占之处，"凡学宫正殿、两厢木主亦俱毁弃殆尽。"①定都前后，太平天国一度对包括儒家典籍在内的中国传统文化采取了全盘否定的政策。它只承认《旧遗诏圣书》、《新遗诏圣书》、《真天命诏旨书》为"当今真道书"②。其他书籍包括孔孟之书则被列为"妖书"，予以严厉禁止。天国宣布，"凡一切孔孟诸子百家妖书邪说尽行焚除，皆不准买卖藏读也，否则问罪也。"③"有敢念诵教习者，一概皆斩。"④太平天国统治区出现了"敢将孔孟横称妖，经史文章尽日烧"的反孔高潮。官方下令强制没收并搜缴"妖书"，加以焚毁。时人记载："搜得藏书论担挑，行过厕溷随手抛，抛之不及以火烧，烧之不及以水浇。读者斩，收者斩，买者卖者一同斩。"①曾国藩乘机指控太平天国使"士不能诵孔子之经"，"举中国数千年礼义人伦诗书典则，一旦扫地荡尽"，"此岂独我大清之变，实开辟以来名教之奇变"②，借此举起卫道旗帜，煽惑知识分子投入反对太平天国的斗争。
-----------------------------------------------------------
① 《贼情汇纂》卷12，《太平天国》（三），页326。
② 黄再兴《诏书盖玺颁行论》，《太平天国》（一），页313。
③ 同上。
④ 《贼情汇纂》，《太平天国》（三），页232。
① 马寿龄《金陵癸甲新乐府》，《太平天国》（四），页735。
② 曾国藩：《讨粤匪檄》。
-----------------------------------------------------------
显而易见，此一时期，在意识形态层面，太平天国把儒学和孔子列为重要打击对象，采取了全盘否定和排斥的立场，而且，不惜用暴力摧毁儒学经典和机构建筑。这就逾出偶像崇拜的层次，体现为意识形态上的严重斗争。洪秀全企图彻底摧垮儒学在中国人心目中的地位，代之以拜上帝教。张德坚说：贼虽无邪术，然虏人纯用换心肠之法。??故凡从贼稍久逃出难民，无不眼光闪烁不定，出言妄诞，视世事无可当意。于伦常义理及绳趋墨步之言行，询之如隔世，视我官吏若甚卑，不及贼目之尊贵，毫无畏敬之意，遇不恕问官辄杀之，盖由染习己深，非一日所能湔洗耳（着重号系引者所加）。
看来，洪秀全试图彻底根绝儒学的思想和政治影响，藉以否定维护旧政权的意识形态，鼓动军民反抗现存社会秩序，并建立拜上帝教的思想和宗教权威，推动反清革命大业。自汉武帝"罢黜百家，独尊儒术"以来，儒学一直为历代王朝推崇的官方意识形态，束缚着广大知识分子和人民的思想自由，麻痹着他们的精神世界，培育着一代代忠君报国的臣仆。及至清朝，儒学教化加文字狱，严厉箝制着人们的思想和行为方式，导致"万马齐暗"的死寂局面。洪秀全对儒学由崇信而贬低，直到反对、排斥的变异过程，既反映了儒学对这位反清革命领袖的颇大束缚力，又体现了他敢于向传统的封建经典挑战，直至与之决裂的决心。洪秀全把孔孟视为妖魔，列为太平天国"公敌"，把儒家经典斥为"妖书邪说"，动员军民用暴力加以毁灭，无疑是对封建意识形态的猛烈冲击，体现了强烈的反封建精神。对太平天国军民说来，无疑是一场思想解放和更新的极好机会。因此，否定洪秀全反孔非儒的反封建性质是不尽客观的评判。
但是，洪秀全对儒学只重于物质武器的批判，却缺乏科学的批判武器，对孔孟学说展开系统深入的理性分析和批判。并且，简单粗暴的批判手段不可能根除孔孟儒学早已固有的思维定势，连洪秀全自己也难以摆脱。事实上，洪秀全毁禁儒学经典，并不能禁止儒家思想的流传。他和整个领导集团都不自觉地保留着大量儒家思想意识，而且按照封建观念规范自己的思想和行为。就在毁禁的同时，洪秀全旨准颁行的许多书籍，如《三字经》、《太平救世歌》、《建天京于金陵论》、《天父下凡诏书（二）》、《太平礼制》等，一再宣扬和强调儒家的纲常名教。即便是经过修改、重刻的《太平诏书》，儒家思想仍是大量或隐或现地存在着。如"大孝终身慕父母"，"富贵在天生死命"，"积善之家有余庆，积恶之家有余殃"等字句，都保留在重刻本中。虽然，他删去了孔孟和儒学经典的篇目出处，但其思想观念却仍然被视为拜上帝教的重要内容。洪秀全毕竟是旧式知识分子，儒家思想在他思想结构的深层形成根深蒂固的文化和心理积淀。《劝世良言》和基督教圣经，作为一种宗教神学，本身就不是科学的世界观，因此不可能成为对儒学展开理性分析批判的武器。而且，洪秀全仍然生活在封建的农业社会，物质和文化环境制约，观察和思考问题的立场、方法，不可能超出农民和下层知识分子的文化心理。他们虽然有反封建的要求，但却不代表新的社会力量，不可能从现有的封建经济关系中形成科学的世界观。因而在意识形态上，必然受传统儒学观念的支配。洪秀全在当时对封建儒学的冲击实属难能可贵，他最终不自觉地回归儒学亦属历史和时代的必然选择。我们应当认真分析和论述这一史实，却不宜苛求洪秀全对待儒学的思想和行动上的严重矛盾，也不宜因他反孔非儒的激烈行动而拔高其反对封建意识形态的层次。
-----------------------------------------------------------