金田起义后，生死存亡的武装斗争实践使洪秀全的宗教思想层面进一步演进。他极力利用宗教推动农民战争，为此，大力宣传皇上帝的无比权能，强调反清战争是一次"奉天诛妖"的圣战，"万事有天父主张、天兄担当"，激励将士"同心放胆同杀妖"。同时，共同的宗教信仰和严格的宗教纪律空前强化了太平军的凝聚力，由此产生出巨大的物质力量，使太平军与天地会武装素质产生较大的差异。向荣能够迅速镇压天地会起义，却屡次被太平军击败。清军统帅赛尚阿哀叹：太平军" 不畏死"，深信"邪教"，执迷不悟。①周天爵甚至断言太平军吃了迷药，冲锋陷阵，所向披靡。②因此，仅二年多的时间，就进军两湖三江，攻克天京。拜上帝教的精神感召力和凝聚力无疑发挥了巨大作用。太平军的重大胜利，又给洪秀全以错觉，认为这是托"天父天兄权能"，"非人力所能为"，因而加深了皇上帝是胜利本源的意识。相形之下，在反清斗争中，儒学的功能发挥黯然失色。相反，多数儒生都站在清朝一边，抵制或仇视太平军及拜上帝教，甚至公然组织团练抵抗太平军。儒学成了他们反对太平天国的精神武器。看来，在激烈的军事斗争中，儒学产主较多的负面作用，成了拜上帝教的对立意识形态。对此，洪秀全不能不认真思索。因而，在处理与儒学的关系时，其排斥性日渐增强，并达到非常激烈的程度。表现在：1）进一步突出了皇上帝的绝对权能和洪秀全的神圣地位，更加贬低了孔丘和古圣先贤的地位。
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① 《赛尚阿奏》，军录，革·太，号544-4。
② 周天爵《致鄂督函》。
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1853 年重刻本《太平诏书》（《三原》）对初刻本作了修改（见下表）。这里，初刻本由古道今或由今溯古的历吏论证被一笔勾销，代之以重刻本的"天命"或"天生"等与"天"有关的词。"王者"、"古人"等词或改作上帝，或改作天王自己。历史论证变成了天命或天王旨意。"王者"、"古人"的权威消失了，代之以皇上帝和天王洪秀全的权威。真理不是来自于古代王者圣贤，而是上帝和他在凡间的儿子。
篇名初刻本重刻本备注《原道救世歌》自古君师无异任，自古善正无异德，且观桀纣君天下，铁统江山为酒亡。
天命君师无异任，天生善正无异德，天父上帝最恶仇，切莫鬼迷惑灭亡。
"自古"改"天命"或天生"。由抨击桀纣罪行，改为天父上帝的正面教诲。
《原道醒世训》王者不却众庶，故能成其德。
上帝广生众民，故能大其德。
"王者"改"上帝"。
《原道救世歌》过而能改方无过，古人所以诲谆谆。
过而能改方无过，今苦门海谆谆。
"古人"改指天王。
孔丘的地位则急剧下降。这时关于孔丘的故事是："孔某向本在天堂，忽逃下凡间变妖惑人。所以，天父大怒，今已捉上高天，罚他种菜园了。"①先前，孔子只是教人之书多错，现在则是"变妖惑人"；先前孔子在天"享福"，现在则被罚做体力劳动。孔子成了"变妖"，在太平天国词语中，这是对上帝的叛逆。原来指称的孔子跟着妖魔头逃亡之罪变成和妖魔头勾结，在世间"感人"的叛逆大罪。其他古圣先贤的景况也不如从前，1853 年重刻本《太平诏书》中，干脆撤去了褒誉许多古人的《百正歌》，其他诸篇也不再给古圣先贤以溢美之词了，对先王名儒赞美的字句连同被赞美者名字概行删除。
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① 《金陵省难纪略》，《太平天国》（四），页719。
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2）突出"番国圣经"，隐没儒学经典。