在《原道觉世训》中，洪秀全批驳"阎罗妖注生死"之说，称之为"妄说"，理由是未见载于"中国经史"和"番国圣经"，并把二者称之为"古今远近通行之各经典"。乍一看，洪秀全把"中国经史"与"番国圣经"相提并论，等量齐观。但若深入推敲，就发现其实不然。首先，洪秀全把二者都视为"经典"，但在用语上则是"经史"与"圣经"，看来，洪秀全这时可能接受了"六经皆史"的观点，并把"经史"并提，置于同等地位，显然，经书不再具有绝对真理的价值，而是史实证据的范畴。与圣经地位是有所区别的。这表明二者在洪心目中的地位并非等同。其次，"阎罗妖"注生死之说，"中国经史"未置可否，但与基督教义相矛盾。洪要加强人们对上帝的信仰，不能不批驳此说。但仅以"番国圣经"来批驳是不够的。为了加强效果，使人信服，他又穿凿附会，从"中国经史"中寻找根据。这恰好表明，"中国经史"只是"番国圣经"的佐证而已。再次，拜上帝教义主要源于基督教，中国经史与其教义相符合者，则援引为论据；若与其教义相抵触者，则加以排斥。拜上帝教判断真理和谬误的主要标准是"番国圣经"，而不是中国经史。
但是，儒学经典虽没有圣经那样至高无上的权威，却毕竟有着崇高的地位。洪秀全常把儒家教条与基督教义揉成一体，加以宣传。他强调君、臣、父、子、夫、妇、男、女都应做到身"正"。正的标准仍是儒家的道德规范，如仁义道德、礼孝廉耻等。他宣传做人要学颜回"不贰过"；妇女要以《内则》为闺范；做子女的要明《孝经》；"非礼四勿"教条人人必须遵守。这表明洪秀全的道德观没有超出儒学的规范。
为回应拜上帝教"从番"说的攻击，洪秀全援引《大学》、《孟子》、《诗经》、《书经》、《尚书》等来论证中国"自盘古至三代，君民皆敬拜皇上帝"。在《天条书》中，他驳斥说：难道颛项、商汤、周文周武敬事皇上帝，都是"从番"吗？"盖拜皇上帝这条人路，考中国番国鉴史，当初几千年，中国番国俱是同行这条大路，但西洋各番国行这条大路到底，中国行这条大路到秦汉以下则差入鬼路，致被阎罗妖所捉。??不醒者反说是从番，何其被魔鬼迷朦本心之甚也！"洪秀全以儒学经典作为论据，回击了"从番"说的诬蔑，试图使中国知识分子和民众消释误解，改变信仰，崇拜上帝。洪秀全等不仅从儒家经典里寻求拜上帝教的教义资料，而且还援以自卫。1848 年初，团练头子王作新捕捉冯云山等人，押送桂平县，指控他们"迷惑乡民"，"要从西番旧遗诏书，不从清朝法律。"冯云山据理力争，用"两广大宪章"和"皇上御批"作为传教的法律根据，援引《诗》、《书》中称"上帝"者二十余条作为自己传教的历史根据，终于驳倒了王作新的指控。史实表明，就宗教崇拜而言，在洪秀全心目中，皇上帝和圣经取代了孔子和儒经的至尊权威和地位，对皇上帝的崇拜代替了对孔子的崇拜。但是，就思想意识深层结构而言，洪秀全并不理解和熟悉圣经，缺乏基督教文化的环境和根基。而儒学则是他意识和行为方式的主导基因。洪秀全正是按照儒家世界观和思维模式理解、接受圣经的。
追溯洪秀全的思想变异动因，大致来自三个方面的影响。
其一，受《劝世良言》的影响。《劝世良言》对洪秀全影响极大。它宣称上帝是独一真神，贬斥儒释道三教崇拜偶像的行为，嘲笑儒学拜文昌、魁星等神像的愚蠢行动。但《劝世良言》对儒家政治、社会、伦理思想等没有任何批判，相反还肯定"儒教所论仁义礼智之性，至精至善之极，与救世真经圣理，略粗符合。"但却明确界定，只有圣经才是"真经圣理"。真理权威在圣经，而不在儒学经典。至于孔子的神化则被完全否定。这种对孔子、儒学信从又非至尊的观点显然为洪秀全所接受，从而在他的早期著作中得到体现。
其二，1844 年后，洪秀全因传教失败，反清革命意向冷落，宗教救世思想占了主导地位。他的思维转向劝善诫恶的宗教教化，教义中的伦理道德层面因此凸显。儒学对此提供了一整套规范与教条，从而被大量汲取，纳入拜上帝教义。儒学和基督教也有了更加广阔的调和空间。
其三，洪秀全汲取初次传教失败的教训，单纯的崇拜上帝，废弃偶像说教难以教化中国民众皈依拜上帝教。他必须考虑中国民情和传统文化环境，改造基督教，使拜上帝教中国化，才能为民众喜闻乐见，接受和皈依。而且，儒学中的大量内容与基督教并不相悖，却能够吸引更多的教众。因此，洪秀全认为，必须从儒学中吸取思想资料，建构拜上帝教的理论和教义体系，才能成为中国知识分子和民众乐于信仰的宗教。
（二）1848-1850：批判孔子和儒学的开端
1847 年秋，洪秀全反清思想再次活跃，而且随着紫荆山基地的创建，愈加强烈，宗教救世思想相应淡化。这时，他对孔子和儒家思想的态度发生新的变化。
1844 年以后，他撰写了一批著述，树立了皇上帝的绝对权威，初创了拜上帝教义，同时汲取了儒学的伦理纲常说教。至于洪秀全的真命天子地位，在儒学中则根本找不到任何论据。若继续保持儒学的崇高地位，势必使人们，尤其是广大儒生，认同清朝，而不会接受反清意识，并认同洪秀全为真命天子。因此，洪秀全不得不向他自幼笃信的儒学和孔子发出强烈的挑战。在他看来，必须否定和贬低孔子和儒学经典的权威地位，代之以自己建构的拜上帝教，才能扫清反清革命、创建洪氏新朝的思想障碍。
1848 年冬。洪秀全撰写了《太平天日》，其关键内容就是批判孔子和儒学，凸显出洪秀全本人的绝对政治和宗教权威。具体归纳为二点：
其一，编造了皇上帝鞭笞孔丘的神话。
洪秀全认为，孔丘在知识分子和民众中的权威是树立皇上帝和自己绝对权威的严重障碍，因而，必须动摇和贬黜孔丘的圣人地位，打掉他的威风，破除人们对孔丘的迷信。为此，他编造了上帝鞭答孔丘的神话：皇上帝斥责孔丘有"过"，"高天"亦"人人归咎"孔丘。孔丘便私逃下天，欲与妖魔头偕走。天父即差主（指洪秀全）同天使追回孔丘，将孔丘捆绑解见天父。天父上帝"怒甚"，命天使鞭答之。孔丘跪在天兄基督面前，再三讨饶，"哀求不已"。
皇上帝对孔丘先是"斥责"，继而捆绑，终而鞭笞。孔丘在上帝面前"始则强辨"，继则"默想无辞"，终则下跪向耶稣哀求讨饶，一副狼狈相。在这个神话里，"大成至圣先师"成了逃犯，被洪秀全捕获审讯和鞭鞑，威风扫地，"圣人"的尊严，荡然无存。相形之下，更见上帝天兄及洪秀全本人的神圣和权威。值得注意的是，洪秀全把孔丘和"妖魔头"联系在一起，而且与其"偕走"。妖魔头一般指历朝皇帝，尤其是清朝皇帝。孔丘则与他们为伍，成为反清革命的对象。看来，洪秀全已经感性地认识到被神化的孔子与封建皇帝之间的依存关系，从而，也朦胧地领悟到儒学维护现实社会秩序的功能。这也是洪秀全批判孔子和儒学的认识根源。
其二，借皇上帝之口，批判儒学经典。
在神话中，皇上帝指斥"孔丘教人之书多错"，从而动摇了儒家经典的绝对真理性。
"孔丘之书"错在哪里？上帝指出，错在儒家经典不大力宣传上帝，以致世人读后，还不识皇上帝，不去敬拜皇上帝。而孔丘在书中突出自己地位，使自己的"名声"大过皇上帝，而受人顶礼膜拜。并且，儒学肯定了邪神偶像，致使世人被"妖魔"迷惑而去"敬妖魔"，成为"妖魔作怪之由"。显然，这是对儒学中鬼神观念的否定。其实，鬼神观并不是儒学的主要内容。但孔子对神鬼敬而远之，毕竟承认和接受民间的鬼神崇拜。洪秀全对此提出批判和否定。洪秀全说儒学之书"多错"，但只列举了上述两条，显然还是从神学崇拜角度去批判儒学的，面对于儒学的重要内容：封建纲常、宗法等级社会和君主专制政治体制等，却没有提出正面批判。相反，仍然构成拜上帝教的重要理论层面，至于民本和大同思想更是如此。因此，洪秀全仅以"多错"对儒学经书作形式上的否定，使之不再具有绝对真理的地位，而由拜上帝教理论与教义取代。而儒学内容却在新的理论教义体系中得到保存和宣扬。
从对孔子、儒学由传统的崇信转向批判和否定是洪秀全思想结构中的一项重大裂变，而导致裂变的直接契机则是政治斗争的现实需要。但它并不表明洪秀全与儒学的彻底决裂。
其三，借皇上帝之口，对孔丘一分为二，肯定他"功可补过"，准他"在天享福"，"永不得下凡"。这正充分表明，洪秀全对儒学的批判吸收心态。他肯定儒学的合理成分，使之融入拜上帝教，因此，对孔子的贡献没有一笔勾销。
（三）1851-1853：反孔非儒的高潮