尽管拜上帝教的神学成份不断强化，革命作用逐步减弱，但它并没有同归于基督教。相反，二者的差别却越来越大。因此，它引起了西方传教士的愤怒和攻击。定都以后，西方传教士与太平天国领导人一直围绕着教义展开了多次论争。而在太平天国后期，论战更加激烈，其内容广泛，涵括拜上帝教与基督教的全部分歧。归纳起来，主要集中在三个方面：其一，圣经的解释权问题。传教士认为，他们是圣经的唯一解释人，圣经是不可动摇的绝对真理，是神圣不可侵犯的经典。因此，他们宣称，洪秀全无权解释圣经，更不承认洪秀全是宗教理论和教义上的"先知"。洪秀全则坚持宣扬他升天受命的神话。通过这种方式，他直接和上帝联系，获得了新的"天启"。他的权威远远超过了外国传教士。洪秀全从政治需要来看待圣经，他说"新约有错记"①，他批解圣经，称《钦定旧前遗诏圣书批解》。钦定本对圣经许多地方进行了批驳、注释和修改。仅就修改而言，改字词372 处，修改整句、整节共12 处，重编故事情节达4 处。此外，删7 处，补4 处，增1 处。①洪秀全还从宗教先验论出发，把圣经解释成是自己的身份和事业的预言。批解中关于应验的批示即达19 处之多。洪秀全不但批解圣经，又把自己的诏书汇集成《真天命诏书》，与《旧遗诏圣书》、《新遗诏圣书》相提并论，列为三大真道书。这些都是基督教不能容忍的。其二，关于教会的权力问题。传教平天国学刊》第3辑。
士坚持政教分离，教会独立于国家政权，可以进行它自己的各种活动，中国政府无权干涉。太平天国则贯彻政教合一，坚持自己的一套宗教制度，不容外人干预。传教士在太平天国境内，只能传布太平天国的宗教，不得建立教会，传布基督教。其三，基督教反对政治功利主义。传教士批评洪秀全把宗教作为政治斗争的工具，攻击洪秀全是政治野心家。洪秀全则坚持拜上帝教的政治功利化，为他和太平天国政治斗争需要服务。因而，宗教从属于政治。
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① 《洪秀全集》，页139。
① 以上六个数据系根据吴良祚、罗文起《太平天国印书校勘记》一文统计得来。见《太
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二、儒学与拜上帝教
洪秀全长期经受儒学教育，生活在中国传统文化的环境中，其思维和行为方式必然受到儒学的影响与规范。当他接受基督教并创立拜上帝教时，对陌生的基督教文化缺乏感性的认知，因而在研读《劝世良言》与圣经时，经常按照儒学思维方式去理解和运用。但是，基督教是一神教，是一种排他性的神学体系，它不承认别的神灵与真理，而以上帝和圣经作为真神与绝对真理。这使一贯崇信儒学的洪秀全面貌两难的抉择：必须否定对儒学与孔子的崇拜；但又无法摆脱儒学的影响与制约。面对基督教与儒学的对立，洪秀全一方面提示坚决废弃儒学，批判孔子的"谬说"，以树立上帝和拜上帝教的权威，另一方面，却极力寻找基督教与儒学的对接点，企图使它们相互沟通。于是，儒学大量涌入拜上帝教，竟至成为其基本成份。而且，洪秀全又按照儒学的思维方式创立拜上帝教。这样，更使它具有强烈的中国传统倾向。随着时势变易和斗争环境演化，拜上帝教和儒学之间的关系又存在阶段性的变化，值得我们认真考察与论证。
（一）1843-1847：崇拜-元化和真理二元化
洪秀全受基督教影响之前，接受一般的儒学教育，虽然具有朴素的农民意识，但在他心目中，孔子是"至圣先师"，四书五经是神圣不可动摇的经典。1843 年，洪秀全重读了《劝世良言》，创立了拜上帝教，致力于劝人们敬拜上帝的宗教活动。这是他人生道路和政治思想的重大转折。从此，他由科场转向反清与救世的战场。原来的儒学思想及其行为规范显然与新的道路抉择发生严重冲突。此时，洪秀全刚刚开始从《劝世良言》接受基督教的某些教义，从中汲取反清与救世的思想武器，以修正和改造自己所一直信奉的儒学教条。这样，引起他对孔子与儒学态度的重大变化。
洪秀全创立拜上帝教后，崇敬上帝为独一真神，而废弃一切偶像崇拜。
于是，他弃去塾中孔子牌位。不久发展冯云山、洪仁玕加入上帝教，亦"将二人书塾中之偶像尽行除去"①。洪秀全的早期著作虽然充斥着孔孟学说，但却对孔孟直呼其名②，抛弃了以前虔诚的敬仰。在洪秀全心目中，唯一最高权威是皇上帝，而不是孔子，应当崇拜上帝，而不应崇拜别神，也不应崇拜孔子。孔子的无比神圣、绝对权威的至尊地位被上帝所取代。但他并没有对儒家学说的真理性产生怀疑，相反，仍然笃信儒学，并在早期著作中，引入大量的儒学观念和教条，把基督教与儒学融汇一体。这正是初期拜上帝教的重要特色。
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① 《太平天国起义记》，《太平天国》（六），页846。
② 《原道救世歌》："周文、孔丘身能正，??。"《百正歌》："周文归心八百，??孔丘教服三千??。"《原道醒世训》："是故孔丘曰"，《原道觉世训》："孟轲云命之谓性'，《诗》曰：'天生蒸民'。《书》曰：'天降下民'。
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再说，弃去孔子牌位并不意味着洪秀全对孔子的否定。在他看来，孔子不是偶像，但却是圣人；孔子是凡人，不是神，与上帝无法比拟。因此，洪秀全劝人拜上帝，不拜孔子，但也未攻击孔子。他直呼孔孟姓名，并非对孔孟毫无敬意，他所不能接受的是孔子的牌位和孔子神化的权威。在《三原》论述中，洪秀全鲜明地划出"正"与"邪"两个营垒，而孔丘等儒家代表人物，都没有被划入"邪"的营垒，而是被列为人们行正的楷模。《百正歌》更是把尧、舜、禹、汤、文、武、孔丘作为"正"的典型加以歌颂。在《原道觉世训》中，他承认皇上帝之外还有"圣人"存在，他说："孔子曰：'天昭昭简编，洵不爽也。此圣人所以天下一家，时廑民吾同胞之怀而不忍一日忘天下。"孔丘一类人，虽然不能享有"至圣"地位，但"圣人"还是可以接受的。"周文、孔丘身能正，陟降灵魂在帝旁"，最能代表洪秀全对孔丘的态度：一方面、孔子不是"至圣"，因为上帝权威大于孔子；另一方面，孔子仍至正人、圣人，他的灵魂们"陟降"在"帝旁"。
可见，在神的崇拜上，洪秀全只选择独一真神唯上帝，是一元化的取向；但在真理选择上，却是二元化的取向--基督教和儒学。