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洪秀全为确保其绝对的、至高无上的权力，进一步完善了先期即已开始建构的一整套等级制的官僚体制，虽然其职官、爵秩上溯《周礼》，与清朝官爵名目区别鲜明，但体制上并无实质差别。
天王以下便是中央政府。建都前，职官自军师至两司马共12 级，兼理文武。建都以后，政权机构与军队分开，政权机构为中央与地方两级。中央政府官员的品级次序为：王、侯、军师、丞相、检点、指挥、将军等。天王以外，东、北、翼各王均有王府，各王府均设吏、户、礼、兵、刑、工六部。名义上，杨秀清的地位仅次于天王，但他掌握军政大权。东王府设置了庞大的办事机构，总理军政，形成实际上的中央政府。天王府则成了形式上最高权力的象征。地方政权机构共分省、郡、县三级，省设"主将"、"佐将"等官，郡设总制，县设监军。他们既是地方行政长官，也有武装守土之责，为之"守土官"。县以下为基层政权，设各级乡官管理。守土官多由上级任命太平军中级军官担任，乡官多由地方保举产生。从法律上规定，一切官员都由天王派任，实际上前期均由杨秀清"专决之"，后期则由地方统帅保封，洪秀全下诏认可。各级官员都必须遵守条命，向上级负责，其权力不受人民监督。而且，他们都有自己衙门，配置一套办事班底，形成相对独立的管理机关。广大军民除了生产、交粮纳税和征战疆场，并没有近代意义上的民主权利。由此可见，太平天国实质上沿袭着历代封建统治政权的官僚体制，把天王专制的中央政府的军令、政令层层输出到统治区的城镇乡村。同时，洪秀全为维护其至尊地位，制定了繁苛的礼仪和森严的等级。这里仅列举一二：朝仪：东王有事见天王，经天王批定日时，届时，东王率百官毕集宫外。天朝门洞开，外立引赞官传呼各官进。惟东、北、翼诸王得进见，侯爵以次俱排列于大门内，引赞官呼跪，则皆跪。通赞官高呼："天王有诏：诏众官员珠贯而入，各肃班联，趋跄起跪，不得嚣喧，三呼万岁，听旨传宣，朝觐已毕，站立两边。"读讫，百官如仪起立。东王白事出，则转身向内而立，百官皆跪其后，又三呼万岁，然后掩门而散。①宫殿：天王宫以黄缎裱糊，绘双龙双凤，金沤兽环；东王府亦糊黄缎，并用铜环，彩画只一龙一凤；南、北、翼、燕、豫五王则画一龙一虎。
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① 简又文《太平天国典制通考》（上），页133。
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朝帽：天王冠为圆规络帽式，上绣双龙双凤；东、北、翼王朝帽均为古制兜鍪式，上绣双龙单凤，但东王帽上单凤栖于云中，北王单凤栖于山冈，翼王单凤栖于牡丹花上。
袍式：天王与诸王均穿黄缎袍，天王黄缎袍绣龙9 条，东王绣龙8 条，北王7 条，翼王6 条，燕、豫二王5 条。
文书：天王文书为"诏旨"，东王文书称"诰谕"，北王文书曰"诫谕"，翼王为"训谕"，燕、豫称"诲谕"，侯以下均谓之"札谕"。
称谓：天王为万岁，东王九千岁，西、南、北、翼诸王依次递减一千岁。到天京后封燕、豫两王，则只称"千岁"。
就天王与诸王的权位来源而言，《天情道理书》说：天父"差天王下凡
为天下万郭太平真主救援天下人民"。《英杰归真》说："天王盖谓系王于天，所以大一统也"，"君主天王实天父专命封为天王也"。这就是说，天王是上帝所封，他的地位与权力来自上帝，东王与诸王是天王所封，他们的地位、权力是天王所赏赐的。
尽管洪秀全在权力结构中受到排挤，但他的天子地位一直得到保持。首先，天王与诸王是君臣关系。洪秀全称"天下万国朕无二"①，只有他才是"万民之主"，把军师杨秀清说成是自己的辅臣。杨秀清也说天父"命真主以救世，复遣辅佐以辅王"，"报效天王，即是诚心敬天父与天兄也。为忠臣者，皆要称辅相之任；??辅王者，皆要知君臣礼仪。"②认为洪秀全是"真主"，把自己置于"辅臣"地位。承认"天王"是君，"军师"为臣，天王宰治天下，军师"襄赞朝纲"，其君臣关系是明确的。虽然杨秀清自恃功高，一切专擅，常"倡天父之言，藉传于东王金口，兵机要政，皆由天定，人莫得违"，而逐渐"众权独揽"。①杨甚至每每挟天父以令君王，借天父下凡，"令秀全跪其前，甚至数其罪而杖责之"，但"造言既毕，其为君臣如初。"②如1853年12 月，杨借天父下凡，怒责洪秀全，事后又率领诸王上朝，好言劝慰，表示"君使臣以礼，臣事君以忠。"洪秀全也夸赞杨为直言无隐的"骨鲠之臣"③。这些事实表明，尽管洪每每受杨挟制，但其君臣关系是无庸置疑的。其次，在权力运作上，杨秀清也对天王府表示形式上的尊崇。"初至江宁，杨逆日朝洪逆所。"④后来，即使洪秀全诏示"勤理天事，便是朝见"，杨仍"每数日必朝洪秀全所"。事无巨细，都先要奏请天王，诸如盖造天王宫殿、明定朝帽、制定服饰、派夏官正丞相周胜坤出师庐州、地官副丞相黄再兴赴湖北、照旧交粮纳税、处决鸦片烟犯周亚九等等，都由东王上奏，得到天王"旨准"方行。洪秀全还亲自下诏删改六经，至于官吏铨选，亦是"列名具禀"，层层上达，奏于天王，以取其旨。天王形式上拥有处理军国大事的最后决定权。
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① 《太平天国文书汇编》，页41。
② 《太平天国印书》（上），页141-142。
① 《太平天国》（四），页702-703。
② 《贼情汇纂》，《太平天国》（三），页45。
③ 《太平天国印书》（下），页479。
④ 《贼情汇纂》，《太平天国》（三），页171。