洪仁玕决意奔赴天京时，外国传教士大受鼓舞。他的心愿是"辅佐天国"，但能否受到重用，并领导和策划军政大事，尚是未定之数。外国传教士对洪仁玕"尝以马丁·路德相期许，盖迩日太平天国宗教极端腐化，冀干王能一乎改正之也"。而洪仁玕本人则退而求其次，暂时不想辅政，只愿从事宗教改革工作，"广传圣经，普化世人，以不负生平之夙愿。"就是说，他"盼望在太平天国的居民中尽力传播真正的基督教，改正现有的错误。"①可见，无论是外国传教士，或洪仁玕本人，都想透过天京之行，对拜上帝教加以修正和改造，以统合到基督教的理论和教义体系上。
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① 邓嗣禹：《太平叛乱和西方列强》。
① 引自茅家琦《太平国对外关系史》，页28O-281。
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当洪仁玕身负重任、总理朝政后，传教士们更是兴奋不已。 1860 年8月，他邀请艾约瑟、杨笃信等访问苏州，并给以隆重接待。洪仁玕与他们进行了"推心置腹"的会谈，具体讨论了基督教在太平天国的传播和宗教改革的问题。洪仁玕认为，洪秀全尽管有错误，但"他是个虔诚信教的人。他敬拜上帝，经常诵读圣经。""干王想竭力从各方面去帮助他逐渐改正错误"。而且，洪仁玕向上帝祷告，祷词"符合圣经。他祈祷一切偶像将被消灭，寺庙将变为教堂，纯正的基督教将变为中国的宗教。"②因而杨笃信对洪仁玕满怀信心。他向教会报告说："洪仁玕对基督教、外国人和世界大事之知识，比之其族兄天王较为深刻，较为正确。他之膺封显职，表示天王对他的钦佩和宠爱。他的职位将可以纠正天工之谬误，而且可以向其左右的许多人传播基督教的优良的正统影响。"③这番话反映了一批外国传教士的共同心声。洪仁玕执政时，拜上帝教正面临严重危机。在太平天国的初期，拜上帝教在宣传和动员群众、神化洪秀全以及太平天国领导集团等方面的特殊功能，在组织和掀起一场大规模的反清起义中的作用是显然的。但随着太平天国定都南京，领导集团封建化倾向加剧，拜上帝教也成了他们相互争夺权力的工具。杨秀清就以天父传言人的身份上逼天王，下压首义诸王，引发了内讧。这位天父传言人被杀后，韦昌辉也相继伏诛，石达开破逼出走。上帝大家庭里的兄弟相互血腥杀戮，牵连数万名无辜将士，或惨遭屠杀，或追随翼王远征。拜上帝教宣传的天下一家、人与人是兄弟姐妹的平等亲密关系也被血腥的内证所否定。洪秀全、杨秀清等借拜上帝教编织的光环也因此暗淡。人们的宗教虔诚受到亵渎，感受到拜上帝教的虚幻。于是，他们不再象以前那样对拜上帝教崇信不疑，宗教原先产生的凝聚力大大减弱。加之局势恶化，士气下降，人心涣散。洪秀全出于稳固局势，统合人心的目的，仍然坚持用拜上帝教作为思想武器，他排除了天父天兄的传言人，自己直接与上帝、耶稣沟通，并把他们的旨意达给臣民。拜上帝教也因此更加凸显洪秀全个人迷信的倾向。
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② 引自茅家琦《太平天国对外关系史》，页280-281。
③ 引自茅家琦《太平天国对外关系史》，页277 页。
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这样，拜上帝的功能和作用也相应发生变化：由前期动员和组织军民、推动反清战争为主要目的指向的正面效应，逐渐转变为以强化洪秀全神权为主要目的指向的负面效应。洪仁玕到天京执政后，正面临这种宗教现实。他看出洪秀全对传播基督教根本不感任何兴趣，而只是竭尽心力恢复和加强拜上帝教的政治教化功能，使它成为收拾人心、重振洪氏江山的精神支柱。这样，洪仁玕原来设想的使拜上帝教基督教化的宗教改革遇到了不可逾越的障碍。他无法说服洪秀全放弃拜上帝教中的非基督教的理论和教义，因而对宗教改革感到"心有余而力不足"。①不仅如此，他还对洪秀全的努力表示理解和支持，对拜上帝教义在反清斗争中的实际功效有了比较深入的了解，肯定拜上帝教义"言近旨远，由显入深，真足使智者踊跃，愚者省悟。"①因其符合中国人的社会心理，通俗浅显，故比基督教更具直接性的政治功能。同时，他也敏锐地感到拜上帝教正在日渐丧失前期所具有的感召力，指出："即我天朝初以天父真道，蓄万心如一心，故众弟兄只知有天父兄，不怕有妖魔鬼。此中奥秘无人知觉。今因人心冷淡，故锐气减半耳。"②面对这一现状，洪仁玕调整了宗教改革的构想和思路，由对拜上帝教的彻底改造、使之基督教化的改革方向，转向对拜上帝教自身教义和仪式的建设，使之更加理性化和正规化，并透过新的宗教宣传和教化，企求恢复拜上帝教的思想凝聚力，重新统合涣散的人心，以团结一致共挽危局。由于改革方向发生重要转变，因而内容也凸显中西结合的特色。
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① 《太平大国史料译丛》，页140。
① 《太平天国印书》（下），页703。
② 《太平天国印书》（下），页703。
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首先，为配合强化中央集权与君主专制，大力论证和宣扬洪秀全人神合一的特殊地位。
洪仁玕出于神化洪秀全的政治功利，不惜违背基督教的常识，反复强调和渲染拜上帝教的宗教神话。这些宣传文字充斥在他的文告和著述中。
洪仁玕组织撰写的《钦定英杰归真》，叙述洪秀全1837 年病中升天，"左手执日，右手执月"，"一接太阳，即复原体畅其光明"，把洪秀全本人说成是"照万方而群妖不敢出现、月星不敢争光"的太阳。这是对天王升天受命神话新的加工。在洪秀全、洪仁玕的策划下，一批神化洪秀全的宣传品相继出台，使天王的神权迷信推向新的阶段。
洪仁玕没有采用基督教理论改造拜上帝教，而是加强其儒学理论色彩，使拜上帝教义更具有中国传统伦理纲常的倾向。他到天京后，曾向洪秀全解释基督教中的"三位一体"的含义，但却没能改变拜上帝教三神分立的理论。虽然洪仁玕肯定，由天父、基督、圣灵所组成的"三位一体"是拯救人心的"上宝"，①但他却从未公开否定洪秀全三神分立的严重理论错误。洪仁玕更多地注意把儒学命题纳入拜上帝教的理论体系。他大力鼓吹注重内在修养，以克服私欲的诱惑，坚定对上帝的信仰，就可以"以此克邪，何邪不克？以此歼敌，何敌不歼也"②。试图恢复上帝在天国将士中的万能形象，由此坚定自身的信仰和意志，从而转化为物质力量，推动反清斗争事业。