① 恩格斯《论早期基督教的历史》，《马克思恩格斯全集》，卷22，页541。
① 转引自茅家琦《太平天国对关系史》，页19。
② 《太平天国起义记》，《太平天国》（六），页864。
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在目标设计上，基督教主张人们忍受现实生活的苦难，对剥削与奴役逆来顺受，摈弃对压迫者的反抗和斗争，要贫苦人民安于命运，期待身后灵魂升入天堂，获得心灵上的解脱。拜上帝教则强调人们起来扫除妖魔，诛灭阎罗妖，"扶主打江山"，改变现实社会，创建平均温饱的"小天堂"，争取自身的解放和幸福。至于身后的天堂则称为"大天堂"。这样，广大教徒的奋斗目标定位在对现实社会的改造和建设，从而投身太平天国运动，形成反清斗争的强大物质力量。
在教义上，基督教与拜上帝教也大有差异。
拜上帝教虽与基督教有直接渊源，但却渗透着中国传统文化成份，即使是上帝耶和华，洪秀全也考证出不是西方所独有的。"自盘古以下至三代，君民一体敬皇天"。皇天就是上帝耶和华。中国和外国原来都信奉同一上帝，所不同的是，番国一直坚持下来，而"中国行这条大路，到秦汉以下则差入鬼路，致被阎罗妖所捉。"①上帝是"天下凡间大共之父"②。而且被描绘为一个中国式的神，所穿服饰也中国化了："身穿黑龙袍，头戴高边帽，满口金须拖在腹上"，③一副中国老者仪表风度。
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① 《天条书》，《太平天国印书》（上），页27。
② 《原道醒世训》，《太平天国印书》（上），页15。
③ 《太平天日》。
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洪秀全出于自己的政治功利，不仅将上帝中国化，而且将基督教世俗化和人格化。他声称上帝是其父亲，耶稣基督是其长兄，他本人则是天父的次子。兄弟俩一个被上帝（父亲）派到西方，一个被派到东方，来拯救世上受苦受难的群众。在那凡人不可至的天国，有天母、天嫂，俨然是人间的帝王之家。洪秀全的血管中流淌着上帝的高贵的血液，而基督教中的上帝却是无形的抽象存在，根本没有具体形象，遑论上帝的家庭。
在基督教中，圣父、圣子和圣灵"三位一体"，圣父即是上帝，圣子就是耶稣，圣灵是耶稣死后上帝派到人间来感化人的神灵。在马礼逊圣经译本中，将圣灵译成"圣神风"，洪秀全并不理解，遂牵强附会认为，"圣神风"是"圣神上帝之风，非风是圣神也，风是东王、天上使风者也。"①因此，他又将冯云山说成"云师"，萧朝贵是"雨师"，韦昌辉是"雷师"，石达开是"电师"。将风、云、雨、雷、电与太平天国首义诸王联系起来。"三位一体"的本义在拜上帝教里消失了，变成了三神分立，而且还加上诸王的神灵，和中国民间传说中的迷信沟通，也合乎儒学的天人感应。
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① 《钦定旧前遗诏圣书批解》。
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拜上帝教的宗教伦理观也迥异于基督教。基督教从个人本位观出发，偏重于个人的价值实现。基督是最完美的道德样板，他追求精神的幸福和超脱，忍耐人世间的一切痛苦和灾难，为拯救世人献出生命，却实现了至尊至贵的个人价值。拜上帝教则以儒学的三纲五常为伦理道德的核心，以社会为本位，直接效忠和献身于天王和太平天国，谋求建立美好的社会，从而实现自身的幸福。但是，人们的个人思想行为又必须适应和服从社会利益，不宜与社会悖离和抵触。拜上帝教主张政教合一，而且以严格的组织纪律约束信徒，个人的自由发展受到压抑和束缚，但能够汇聚为强大的群体力量。
在宗教仪式上，拜上帝教一面沿袭了基督教的洗礼、礼拜、祈祷、唱赞美诗、讲道理等仪式，一面又揉台了中国拜神仪式，烧香、叩头、献茶祭祀等内容，而且经常借此展开政治教化和宣传，对教众进行思想教育和统合工作，"讲道理"就是明显的例证。
因此，从政治目的、宗教理论、教义和仪式等方面，拜上帝教咸与基督教差异颇大。在政治功利和若干重要理论上二者则正相反对。不少外国传教士对此大失所望，转而攻击和否定拜上帝教，反对太平天国运动。另一些传教士也深感忧虑，但仍然倾向改造和引导政策，试图修正拜上帝教的理论和教义错误。洪仁玕熟悉拜上帝教的历史和教义，流亡香港时，曾向韩山文作了详细陈述。当然，他对拜上帝教也是颇为认同和信崇的。及至香港期间，他接触最多的是西方传教士，全面和系统地学习了基督教理论与教义，接受了洗礼，成为一名基督徒，被外国传教士评价为"香港的一位最真诚、最有成效的布道师"。①洪仁玕遂把圣经作为信仰的指针，赞美它"非人乎所作"，"心心印，句句真"。西方传教士最初目的是将洪仁玕塑造成一个为他们所用的传教士。未久，因为其天王族弟的特殊身份，洪仁玕被寄于更大的宗教和政治期许。