透过对洪仁玕思想结构中儒学层面的具体剖析，我们可以看出，他恪守儒学的伦理道德规范，把忠君爱国作为自己思维和行动的目的指南，而且以洪秀全为效忠对象，以其一生的思想和实践铺写出忠君爱国的历史篇章。他追随洪秀全反清，既出于对洪秀全的崇拜，又深受"夷夏之辨"狭隘民族观的导向。虽然，他在对外关系上有某些近代民族和国家的观念，但对清朝却始终没有跳出儒学民族观的窠臼。与洪秀全相比，他的民本意识、平等平均观念较为淡薄，在其反清目的上，更具"排满兴汉"的民族观念。在建构太平天国权力结构时，洪仁玕以传统政治体制为模式，极力维护和加强君主专制，而且身体力行，堪称忠君楷模。在意识形态领域，洪仁玕也仿效洪秀全，沿袭儒学政治教化的传统，以拜上帝教为武器，展开广泛持久的宣传和教化运动，为太平天国运动的政治目标呐喊造势。其动机则归结为强化洪秀全的神权地位，服务于天王专制的政治目的。可见，忠君爱国的政治功利驱动着洪仁玕选择政治道路，在权力斗争中确定立场，制定政策，发动宣传和教化运动，维护和巩固天王的绝对权威，而这些活动又都是以儒学的相关理论和观念作为思维的基本认知导向。
洪仁玕思想结构的另一大层面，是西学的浸润和影响而生成的近代化意识。其渊源于时代的变迁和他的独特经历。如果说洪秀全从西方学到了基督教，洪仁玕接触的西学范围则要比族兄广博得多。在香港数年的流寓生涯，使他感知到资本主义的文明。总理朝政后，他一度将自己对西方文化的思考和借鉴透过《资政新篇》表达出来，建议洪秀全顺乎潮流，因时制宜，因势变通，改变中国落后的政经状况，建成近代化的富强国家。
第三章思想结构之次元层面：西学的浸润 一、经济体制--效法西方的"邦法"
太平天国运动面临的经济环境是绵延二千多年的农业社会，以家庭农业和手工业结合的自然经济构成中国的基本经济形态。虽然历经王朝更迭，农民起义冲击，却并无明显变化，由此建树的经济和政治体制也得以延续。太平天国兴起后，洪秀全百计维新，向传统政治、文化宣战，却仍然未能超越旧制度的藩篱。就经济而言，太平天国制定《天朝田亩制度》，推出"几天下田天下人同耕"的平均主义原则，试图摧毁封建地主土地所有制，变革封建剥削关系，实行"无处不均匀、无人不保暖"的理想社会。这样，太平天国必须运用行政手段，建立新的经济体制，把土地等生产资料和农民的剩余劳动产品收归国有，由政府统一平均分配，使人民过着"通天下皆一式"的生活。对于封建经济体制，这无疑是巨大的冲击和革命，具有强烈反封建意义。可是，《天朝田亩制度》只是在经济体制止大动手术，却并未改变这种体制的基础--小农经济。相反，它主张强化这种经济结构，甚至废除商业和独立手工业，取消商品经济，实行单一农业经济。显然，对现实的社会生产力发展而言，这是严重的倒退。因此，《天朝田亩制度》是传统农业社会的意识反映，并没有近代化的因素。相反，这是与近代化背道而驰的方案，也有悖于时代发展潮流。当然，它未能实施，但却对城市经济造成严重的破坏性影响。诸如南京、武汉、九江、安庆、镇江等沿江城市几乎都成了兵营，一度废除了私有财产、私营工商业和商品经济，甚至拆散了家庭，造成的经济损失是颇为严重的。可是在农村，平均主义的政策却没有实施，而是"照旧交粮纳税"，沿袭清朝的经济体制，维护着地主土地所有制和封建剥削关系。天国统治区的经济体制经过一度冲击后基本回归到战前经济形态。《天朝田亩制度》基本失去了经济影响力。经过天京事变后，洪秀全倾力忙于挽救危局，遑论经济改革与建设。因此，太平天国只能维持现状，鼓励士农工商，各安生计，向天国交粮纳税，提供庞大的军政费用，天国经济处于战时状态，很难有所发展和变革。
其实，太平天国统治的江南地区经济居全国领先地位。尽管自然经济占主导地位，但自明朝中叶起，商品经济在某些部门得到了较大发展。一些富"逾王候"①、"富以千万计"②的富商大贾，集中了一定的生产资料，创办手工作坊，开始了雇工剥削。那些失去生产资料的手工工人不得不靠出卖自己的劳动力，以换取必需的生活资料。因此，自然经济内部开始孕育着资本主义萌芽。当时"苏城机户，类多雇人工织。机户出资经营，机匠计工受值。"③丝织业率先出现初期资本主义的生产形态。
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① 昭梿《啸亭续录》，卷2。
② 《扬州画舫录》，卷15。
③ 《文物参考资料》，1956 年第10 期，《奉各宪永禁机匠歇业碑》。
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可是，在自然经济汪洋大海中，商品经济和资本主义萌芽难以独立生存、发展，而封建政权一向推行以农为本的政策，对工商业一贯压制和剥削，因此，资本主义缺乏正常发展的生态环境，生长极其缓慢，步履艰难。及至鸦片战争以后，西方商品不断倾销，廉价商品冲击着传统的自然经济，也使中国的资本主义萌芽遭到封杀，导向半殖民地半封建经济的形态，从而破坏了中国经济正常的发展进程。
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④ 孙毓棠《中国近代工业史资料》第一辑（上），页1，14。
① 孙毓棠《中国近代工业史资料》第一辑（上），页15。
② 《上海通志馆期刊》，页1502。
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其一，洋务派只看到西方的器物和制造技术先进的层面，看不到其社会制度和文化的先进性，因而主张只学习器物制造，而坚持封建制度和儒学文化不可变革，从而推出"中学为体，西学为用"的模式。洪仁玕认为，要在学习西方科学技术和生产技术的同时，注意学习和借鉴其"邦法"，即制度层面。