⑥ 《福济奏》，《历史档案》，1981 年第1 期。
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（三）由盛而衰的转折
这场内讧，就权力斗争本身而论，洪秀全是最大的赢家。他利用矛盾，削除了首义诸王及其山头，整合了中枢权力结构中的各大派系势力，牢固控制了最高权力，终于实现了长期追求的天王专制的夙愿。可是，对太平天国而言，则是一场空前的浩劫。内讧成了天国由盛而衰的历史转折点。
首先，首义诸王及大批中高级文武被屠杀，数万将士追随石达开远征，造成了领导核心的空虚，"朝中无将，国内无人"，中枢军政缺乏人才治理。太平军实力也大为削弱，"不能为用"。主力兵团只剩下陈玉成、李秀成、李世贤等，坚守皖北、皖南疆土。天京守军单薄，只有七、八千人。太平军战斗力之虚弱，为建都以来所未见。
其次，君臣内讧，兄弟相残，天父代言人成了"老奸头"而遭伏诛，拜上帝教所建立的宗教权威体系被血腥屠杀所粉碎。太平天国"军民之心最乱"，从此"内政不修，人心各别"。众多将士对洪秀全等领袖和天国前途悲观失望，军中流传歌谣云："天父杀天兄，总归一场空，打打包裹回家转，还是做长工。"广大将士浴血奋战创建的天国被领袖们的内讧严重摧残，将士们执着追求的理想社会成了难以实现的空想，消极与失落的情绪蔓延开来。拜上帝教原有的亲和与凝聚力急剧削弱，世俗的权力纷争由上层向中下层转移，信仰危机与内耗共生，太平天国原有精神支柱遭到严重破坏，统一的宗教观念形态因而解体，各种异质观念侵入滋生，无疑损害了拜上帝教的思想整合功能。世俗的目标追求代替了理想的奋斗，太平天国运动也因此发生质的蜕变。
第三，军事危机日趋严重。
杨、韦内讧后，清军立即转入战略反攻。武汉、宁国失守，湖北与皖甫疆土沦丧。石达开远征后，江西腹地空虚，迅即为湘军吞噬。1857 年10 月，湘军陷湖口，其内湖、外江水师合为一体，并完全控制了安庆以西的长江水域。 1858 年5 月，湘军陷九江，积极策划沿江东犯。在天京周围，江南大营清军连陷溧水、句容、镇江，再次围困天京。凶焰复炽，江北大营也恢复攻势，围攻瓜洲、江浦，从北岸逼迫天京，太平军多年征战的战果几乎丧失殆尽。咸丰帝严诏各战场将帅"乘其内乱，次第削平"。①曾国藩也叫嚣："洪杨股匪，不患今岁不平。"②太平天国和洪秀全面临存亡继绝的严峻考验。
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① 《上谕官文、胡林翼》，《方略》，卷163，页21。
② 《曾文正公全集》，家书，卷6。
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五、力挽狂澜重振天国
面对危局，洪秀全表现了天国领袖的坚定信念和胆略，发挥了政治和军事才智，领导广大军民，浴血保卫天国，并在人事、政治、思想等领域展开革新与整合，迅速启用杰出的地方将帅陈玉成、李秀成等，重建军事领导班底；并以洪仁玕为军师，推行新政，终于使太平天国运动一度走出低谷，有所振兴。
就其举措，分述如次：
（一）清理与统合军民思想
天京内讧，使军民对拜上帝宗教信仰陷入危机。内讧期间，血腥的厮杀和权力斗争，使宗教活动几乎停止。内讧平息之后，随着政局的初步安定，洪秀全必须清理拜上帝教的理论和教义，对内讧作出合理的解释和回答，力图重新统合军民思想，振奋精神，共度难关。
美国传教士丁韪良认为，洪秀全面临抛弃或维护拜上帝教的艰难选择。