从先秦进入秦汉，这是阴阳说向各个领域和具体学科深入、普及的时期。例如，向中医学的深入和普及，《黄帝内经》一书成焉；又如向元气说的深入和普及，使古代朴素的宇宙发生论得到了进一步的发展。关于《黄帝内经》到后面再作详细介绍，这里只说宇宙发生论的发展。上面我们看到，在《淮南子》中已论述了阴阳在元气成万物过程中的作用。但它们是如何发生这种作用的呢？《天文训》说："阴阳相薄，感而为雷，激而为霆，乱而为雾。阳气胜则散而为雨露；阴气胜则凝而为霜雪。毛羽者，飞行之类也，故属阳，介麟者，蛰伏之类也，故属于阴。日者阳之主，??月者阴之宗也。"这就是说，宇宙的万事万物是经过阴阳二气相搏而产生的。这样就使元气说的内部机制更趋于合理。这一思想后来在张衡的学说中也有体现，这里不再重复。由此即表明了阴阳说在宇宙生成过程中所起的重大作用。
其次，关于五行说。
① 《阴阳五行说的来历》，见《古史辨》第五册。
五行说的发展经历了一个从原始朴素的五行说到神秘的"五德终始说"的过程。根据传说，早期的五行说始于夏商，这就是《尚书·洪范》所记载的箕子向周武王陈述的天帝赐予禹的"洪范九畴"中关于五行的内容。它说："五行，一曰水，二曰火，三曰木，四曰金，五曰土。"它对五行的作用和性质作了概括："水曰润下，火曰炎上，木曰曲直，金从革，土爱稼穑。润下作咸，炎上作苦，曲直作酸，从革作辛，稼穑作甘。"在此之后的春秋时期，史伯在同郑桓公谈论周朝是否要衰败的问题时（"周其弊乎？"）也论到五行："夫和实生物，同则不继。??故先王以土与金木水火杂，以成百物。"①此外，《尚书·夏书·甘誓》中亦有所谓"威侮五行，怠弃三正"之说，后来在《左传》中又多次提到"五行"的观念。这些可以说都属于早期的五行说，或叫原始的五行说。这个时期五行说的特点，主要是它的朴素性，而尚无附加其上的神秘色彩和政治因素。所谓"五行"，也就是人们在长期的生活实践中从自然事物抽象出的五种与人们的生活、劳动密切相关的物质成分，人们正是利用它们制造了自己所需的"百物"。这时人们对五行的思维显然没有与那个万物的本原问题联系在一起。不过，这时对于五行内部的关系已有所触及。如说："火，水妃也"；①"水，火之牡也"。②又如："火胜金"；③"水胜火"。④这就是说，水与火犹如夫妻、牝牡那样是相互匹配的，亦即是对立的统一，而且有着水胜火、火胜金的关系。这实际上也就是五行相生相胜的思想萌芽。
到战国时期，阴阳家才开始把阴阳与五行结合起来，特别是提出了"五德终始说"，用以来解释历史朝代的更替。从现有的资料来看，把阴阳与五行结合起来较早的文献为《管子》的"四时"。它说：东方曰星，其时曰春，其气曰风，风生木与骨，其德喜赢，而发出节时。??南方曰日，其时曰夏，其气曰阳，阳生火与气，其德施舍修乐。??中央曰土，土德实辅四时入出，以风雨节土益力。??西方曰辰，其时曰秋，其气曰阴，阴生金与甲，其德忧哀、静正、严顺。??北方曰月，其时曰冬，其气曰寒。寒生水与血，其德淳越、温怒、周密。
这里就把阴阳与五行及五方、四时结合了起来，而且在此还提出了星德、日德、岁德、辰德、月德等五德，这就为邹衍把阴阳与五行结合起来提出"五德终始说"打下了最重要的思想基础。后来在战国时的《礼记·月令》中，对《管子·四时》的思想又有所发展，以五行的盛衰来解释四时的变化，春季是"盛德在木"，夏季是"盛德在火"，秋季是"盛德在金"，冬季是"盛德在水"，夏秋之交为土。特别是它还用五行相生解释了四时的变化，并把这种变化与五星的运行联系了起来。邹衍正是在这些思想基础上提出他的"五德终始说"的。邹衍创造的这套理论当然不单是表明自然界的五种物质的关系，更重要的是用来解释历史，以人间之五帝应天上五帝之德，继起之帝王全依五行之序。从此，阴阳五行说在政治上便成了论证统治者当兴的理论依① 《国语·郑语》。
① 《左传》昭公九年。
② 《左传》昭公十六年。
③ 《左传》昭公三十一年。
④ 《左传》哀公九年。
据。
当然，五行之序为何？一直有两种说法，一种如《吕氏春秋·应同》所说：凡帝王之将兴也，天必先见样乎下民。黄帝之时，天先见大螾大蝼，黄帝曰：土气胜。土气胜，故其色尚黄，其事则土。及禹之时，天先见草木秋冬不杀，禹曰：木气胜。木气胜，故其色尚青，其事则木。及汤之时，天先见金刃生于水，汤日：金气胜。金气胜，故其色尚白，其事则金。及文王之时，天先见火，赤鸟衔丹书集于周社，文王曰：火气胜。火气胜，故其色尚赤，其事则火。代人者必将水。天且先见水气胜，水气胜，故其色尚黑，其事则水。
这可以说是古典文献中所保留下来的最早的较完整的"五德终始说"了。
很明显，这种五德终始说是同神秘的祥瑞说相联系的。并且此"五德终始说"有着后者胜前者的关系或叫后者克前者的关系。
汉代刘安所主持编著的《淮南子·天文训》提出了另一种"五德终始说"：何谓五星？东方木也，其帝太皞，其佐句芒，执规而治春，其神为岁星，其兽苍龙，其音角，其日甲乙。南方火也，其帝炎帝，其佐朱明，执衡而治夏，其神为荧惑，其兽朱鸟，其音徽，其日丙丁。中央土也，其帝黄帝，其佐后土，执绳而制四方，其神为镇星，其兽黄龙，其音宫，其日戊己。西方金也，其帝少吴，其佐寿收，执矩而治秋，其神为大白，其兽白虎，其音商，其日庚辛。北方水也，其帝颛顼，其佐玄冥，执权而治冬，其神为辰星，其兽玄武，其音羽，其日壬癸。这里不仅把五行同五星、五方、四时结合了起来，而且分别配以天干中的甲乙、丙丁、戊己、庚辛、壬癸及五兽：苍龙、朱鸟、黄龙、白虎、玄武；五音：角、徵、宫、商、羽。
由此可以发现，上述五帝与五行的顺序，前后为相生的关系。这就与《吕氏春秋·应同》的后者对前者为克、胜关系不同了。这两种"五德终始说"，显然，都是为了当时的统治者的上台做论证的，都是为了适应不同的需要而设计的。前者强调的是秦灭周符合五行相胜说，后者强调的是汉继秦，符合五行相生说。这种论证当然是神秘的、非科学的，但在当时都是极为普通的，董仲舒正是以阴阳五行说释儒学，将儒学推进到了一个新阶段。
（三）天文学
中国作为东方天文学的发祥地，其特点是同当时中国农业的发展密切相关的。其内容大致可分为两个方面：天体的运行和天体之间的结构。
关于天体的运行，主要是日、月、五星的运动历法和日月食的推算以及其他星体的出没等现象。在先秦，据《汉书》所载，黄帝时已有"黄帝五家历"，在撷项帝时已有了司天官，而据《尚书》记载的传说，尧、舜、禹时即可以鸟、火、虚、昂来正仲春、仲夏、仲秋、仲冬了。殷商之时，在其甲骨片的卜辞中已有了多种于支表，并已发现殷代历法有平年十二月和闰年十三月，大月三十天，小月二十九日的记载，至周初则已能预告一个月的初一了。这表明在推算日月的运行上已达到相当高的水平。到春秋战国，可以说这是确立中国天文学独立体系的时期。在春秋的前期，频大月和闰月尚无规则，至春秋的中期，则已有了相当严格的规则，并采用了十九年七闰月法。至战国中叶便确立了四分历，以日为一年，以七十六年为安排频大月36514和置闰的共同周期。当时已有了天文学家甘德（楚人）和石申（魏人）的《天文星占》和《天文》八卷，并有了与观测天文相适应的仪器--圭表、漏壶等。另外，在中国先秦的历史文献中，还有着哈雷彗星的最早记录（公元前613 年）和大量流星及流星雨的记录，特别是在中国古代的《星经》中（公元前四世纪），关于恒星位置的资料（1464 星）比托勒密的《天文学大成》（公元二世纪，1022 星）还多出1/3。这就是秦汉之前中国研究天体运行的水平。
汉代在天文观测、历法、仪象等方面，可以说是中国古代在天文学上获得长足进步的黄金时代。汉初刘邦基本上沿用了秦代使用的颛顼历法，后来到汉武帝，才在颛顼历基础上，制订了更为符合天象的太初历。这个历法已具备了后世历法的主要内容，如朔晦、闰法、五星、交食周期及二十四节气等。西汉末年，刘歆又编成了《三统历谱》，增补了日月食的周期和五星运行的内容。按照当时所制三统历的五星会合周期和公转周期与精密值相较，当时所测之值，有的与精密值完全一致，有的则相差不到一日。以会合周期来说，最小的误差，辰星为0.03 日，而最大的误差是火星，也不过0.6 日。由此可见当时历法的测定和计算的精确性已是相当高的了。