此时，张之洞已补授国子监司业，获得自具上疏的资格。他审时度势，与宝廷联衔上疏，迎合慈禧之意，称”皇帝生有皇子，即继承穆宗为嗣”，又进一步为慈禧当年的举措辩解，说立载湉之举“出于两宫皇太后之意，合乎天下臣民之心”，“本乎圣意，合乎家法”。③一番宏论，“援引经旨，侃侃谔谔，辨明继嗣继统之异者”④，在关键时刻、关键问题上维护了慈禧的正统地位，进一步博得她的“恩宠眷顾”。
如果说在继统继嗣问题上之洞显露出官场新进者工于心计，精于谋略的一面，那么在平反东乡冤狱，改订“中俄条约”等问题上，他则更多地表现出秉公持论、为民请命、不避权要，犯颜直谏的“清流”本色。
东乡一案发生于光绪元年（1875年）。咸、同年间，四川苛税繁杂，地丁银外，另有津贴、捐输、杂税诸多名目。“大率每地丁一两合之津捐杂派，大县完多，将近十两，中县完少，亦须五六两。”⑤而东乡（今宣汉）知县孙定扬又于以上捐税外，滥加五百文，以为肥己。光绪元年（1875年），东乡百姓苦不堪言，进城“闹粮”，聚集县衙，请求减征。孙定扬谎称百姓聚众谋反，报请绥定府派员镇压。知府易荫芝派员前往东乡，核减税额，孙定扬反弹劾易“坐视民变而不发兵”，并以“民叛”奏署理四川总督文格。文格“批饬各营痛加剿洗”，提督李有恒率兵至东乡，“将一村一寨不分善恶男妇老幼而尽杀之”①，造成冤死四百余人的特大惨案。东乡民心不服，于次年推举代表袁廷蛟进京告状申冤，又被刑部拘禁，押解四川。
东乡案轰动朝野，都察院御史吴镇、李廷箫等奏弹文格。清廷迫于民怨，给予李有恒、孙定扬革职处分，对文格“交部议处”，巨案不了了之。
光绪四年（1878年）春，清廷下召求谏。张佩纶上疏请复审东乡一案。拖至次年，清廷才派礼部尚书恩承、吏部侍郎重华赴川复审。结果竟然维持原判。
之洞本于四川学政任内，即对东乡冤案有所了解，此时更义愤填膺，决心再次上疏，请惩元凶，为民请命。他于光绪五年（1879年）五月十一日，一天之内连上《重案定拟未协折》、《陈明重案初起办理各员情形片》和《附陈蜀民困苦情形》三折。之洞首先阐明东乡一案的大背景：“自同治八年以后，局中有巨万之征收，无一纸之清帐，乡民愤激清算，遂发兵以剿之。且举无数无辜之老弱妇孺而屠戮之，此不得不为四川百姓痛哭流涕而诉之于天地父母者也”。接着，他一针见血地指出东乡案的实质：“此案之查办由于滥杀，滥杀由于诬叛请剿，诬叛请剿由于聚众闹粮，聚众闹粮由于违例敛”。正是由于孙定扬“横征暴敛”，“残民以逞”，才酿成这一轰动全国的大血案。因此，“不诛孙定扬不惟无以谢东乡千百之冤魂，无以服袁廷蛟，并无以服李有恒”。之洞还奏请惩处对东乡一案负有重大责任的前署理四川总督文格和“复奏不实”的钦差恩承、童华。
刑部不得不重审此案。光绪五年（1879年）六月十七日，上谕承认东乡百姓“闹粮仇斗，并非叛逆”；孙定扬、李有恒滥杀无辜，处以极刑；文格、恩承、童华及与此案有关的数十人，均给予不同惩处。延宕数年的东乡一案，终于沉冤昭雪，之洞也因此而声名大著。内恤民愿，外争国权，是清流中人思虑所系。对于之洞，关于前者有平反东乡冤狱，关于后者则首推改订“中俄条约”之议。
沙皇俄国对我国西部边疆久怀觊觎之心。同治十年（1871年），新疆发生回民举事，英国卵翼下的中亚浩罕王阿古柏（？—1877）乘机进占乌鲁木齐及吐鲁番一带。沙俄趁新疆动乱局势，拉拢阿古柏，并出兵占领伊犁九城（惠远、惠宁、绥定、广仁、熙春、宁远、拱宸、瞻德、塔尔奇）地区，谎称“只以新疆回乱未靖，代为收复，权宜派兵驻守。俟关内外肃清，乌鲁木齐、玛纳斯各城克复后，当即交还。”①清政府以左宗棠为钦差大臣督办新疆军务，于光绪三年（1877年）平息回民起义，剿灭阿古柏。但沙俄自食其言，拒不归还伊犁。次年，清政府派崇厚（1826—1893）出使沙俄，谈判归还伊犁问题。当时张之洞就曾代张佩纶草疏，建议崇厚出使之前先赴新疆实地考察，并与左宗棠定议，然后赴俄，方为适宜。但“疏人不省”，未获效果。
崇厚不懂外交常识，又不了解新疆边境形势，在沙俄的胁迫和愚弄下，不经请示清政府，于光绪五年（1879年）在克里米亚半岛里瓦几亚擅自与沙俄代理外交大臣格尔斯签订《里瓦几亚条约》。根据条约规定，中国仅收回伊犁孤城一座，却要割让伊犁周围大片领土，赔款五百万卢布（折银二百八十万两），并对俄开放三条商路，许俄于天山南北路免税通商。更莫名其妙的是，条约定后，电报总理衙门，崇厚竟不待复电，径自回国。
消息传出，舆论哗然。不惟清流中入竞相抨击，就是一般官吏，也对这一既丧权辱国，且不合外交惯例的签约之举大表不满。惟有李鸿章袒护崇厚：“此次崇厚出使，系奉旨授与全权便宜行事之谕，不可谓无立约定议之权。①王树楠等纂：《新疆图志》卷五十四，民国十二年东方学会校订铅印本。
若先允后翻，其曲在我。”李还主张承认既成事实：“崇厚所定俄约，行之虽有后患。若不免行，后患更亟。”①清流派一向反对李鸿章的妥协外交，此次当然更不依不饶。张之洞与张佩纶、陈宝深等屡屡磋商对策，上奏朝廷。据陈宝琛回忆：自俄起事，公（指张之洞—引注）及张幼樵侍讲与余三人，累疏陈言，各明一义。公构思稍迟，侍讲下笔最速。三人不分畛域，或公口占而侍讲属草，或两公属草而余具奏，或余未便再言而疏草由两公具奏。②光绪五年（1879年）底至光绪六年（1880年）一年多时间，之洞为中俄条约问题前后上疏二十余次。在《熟权俄约利害折》中，之洞陈明条约严重损害国家经济利益、政治主权和军事安全，“不可许者十”，“俄人索之，可谓至贪至横，崇厚允之，可谓至谬至愚”。针对“人人知其不可，所以不敢公言改议者，诚恐一经变约或招衅端”的恐俄心理，之洞坚定不移地指出，“必改此议，不能无事”；然而“不改此议，不可为国！”他提出改议之道有四：计决；气盛；理长；谋定。
“计决”，请求立诛崇厚，“治使臣之罪即可杜俄人之口”。
“气盛”，将条约之不公平布告中外，“明谕边臣整备以侍”，鼓舞民气。
“理长”，暂缓收回伊犁，“索伊犁而尽拂其请则曲在我，置伊犁而仍肄责言则曲在俄”。
“谋定”，急修武备，于新疆、吉林、天津三路设防，必要时不惜与沙俄一战。
最后，张之洞总结道：“要之武备者，改议宜修，不改议亦宜修，伊犁者，改议宜缓，不改议亦宜缓，崇厚者，改议宜诛，不改议亦宜诛”。此奏呈上，两宫皇太后随即召见之洞，面询对策，特许其随时可赴总理各国事务衙门建策，以备咨询。
迫于舆论的强大压力，又考虑到崇厚所订之约确实“流弊甚大”，清政府拒绝批准，并将崇厚羁押刑部，以待惩处，又派曾纪泽（1839—1890）使俄，重议边界条约。
曾纪泽使俄前后，张之洞又连续上疏。或不满清廷屈服于英法等国压力，准备宽有崇厚，坚持将其治罪①；或重申“今欲得全和局，仍惟有急修战备一法”，“我多一分兵威则敌少一分要挟”①；或指责北洋大臣李鸿章等人当此战云密布之际，泄泄沓沓，无所作为，“甘心畏葸，不能任战”②；或批评曾纪泽使俄，但论界务，不争商务，“形迹则界务重，隐患则商务重”，并请“寄知曾纪泽以为辩论之助”③。这些奏章率直坦诚，不避权要，不徇私情，其间虽亦不少“书生之见，无当机宜”，沾染清流高言空论的习弊，但一片爱国赤忱，耿耿可鉴，在当年产生了较大影响。近人吴廷燮曾说：”犹忆为儿童时，得公（指张之洞一一引注）论俄约利害疏，朝诵夕录，不遑寝馈。”④即为明证。
光绪七年（1881年）二月，经过反复折冲，曾纪泽代表清政府与沙俄签订《中俄伊犁条约》。这仍然是一个不平等条约，但较之《里瓦几亚条约》，中国还是挽回了部分权益。改约议成，原因固然是多方面的，但清流党人，尤其是张之洞的多次建策，显然也起了重要作用。
在张之洞的清流生涯中，尤令时人叹服的，是他与陈宝琛于慈禧盛怒、众官缄口之际，抗疏力净“庚辰午门案”，灭竖宦之淫威，扬民心之正气，因而博得“风节动宫闱”⑤的赞誉。