年轻的维萨里面对这种现象极为不满。由于他勤奋好学，在自学过程中掌握了 一定的解剖学知识，也积累了一些这方面的经验，所以他曾一针见血地指出盖仑解 剖学中的错误和教学过程中的弊病，并决心改变这种现象，纠正盖仑解剖学中的错 误观点。于是，他就挺身而出，亲自动手做解剖实验。他的行动，得到了同学们的 赞扬和支持。当时和他一起做实验的还有他的同学塞尔维特。他们经常用解剖过程 中的事实材料针结盖仑的某些错误观点展开争论，并给予纠正。后来维萨里在他的 《人体机构》一书的序言追忆这段往事的时候曾这样写道：“我在这里并不是无端 挑剔盖仑的缺点。相反地，我肯定了盖仑是一位伟大的解剖学家，他解剖过很多动 物。限于条件，就是没有解剖过人体，以致造成很多错误，在一门简单的解剖学课 程中，我能指出他二百种错误。但我还是新生他的”。
为了揭开人体构造的奥秘，维萨里常与几个比较要好的同学在严寒的冬夜，悄 悄地溜出校门，来到郊外无主坟地盗取残骨；或在盛夏的夜晚，偷偷地来到绞刑架 下，盗取罪犯的遗尸。他不顾严冬的寒冷、盛夏的炎热和腐烂的尸体冲天的臭气， 把被抓、被杀的危险置之度外，只是为了寻求真理而努力工作。专心地挑选其中有 用的材料，对于所得到的每一块骨头，都如获至宝，精心地包好带回学校。回来后， 又在微弱的烛光下偷偷地彻夜观察研究，直到弄明白为止。维萨里就是用这种不怕 困难、不怕牺牲的精神和超人的毅力，长期坚持工作，终于掌握了精湛熟练的解剖 技术和珍贵可靠的第一手材料。
维萨里的这种唯物主义的治学方法和解剖学的成就，触犯了旧的传统观念，冲 击了校方的陈规戒律，引起了守旧派的仇恨和攻击。学校当局不但不批准他考取学 位，而且还将他开除了学籍。从那时起，维萨里被迫离开了巴黎。
后来， 他有机会在威尼斯共和国帕都瓦大学任教，并于1537年12月6日获得博 士学位。在任教期间，维萨里继续利用讲课的机会进行尸体解剖，并进行活体解剖 教学，吸引了大批的学生。在那里，他充分利用学校的有利条件，继续进行解剖学 研究。
业余时间，维萨里开始写作计划已久的一部人体解剖学专著。经过五年的努力， 1543年，年仅28岁的维萨里终于完成了按骨骼、肌腱、神经等几大系统描述的巨著 《人体机构》。在这部伟大的著作中，维萨里冲破了以盖仑为代表的旧权威们臆测 的解剖学理论，以大量、丰富的解剖实践资料，对人体的结构进行了精确的描述。 他在书中写道：解剖学应该研究活的、而不是死的结构。人体的所有器官、骨骼、 肌肉、血管和神经都是密切相互联系的，每一部分都是有活力的组织单位。这部著 作的出版，澄清了盖仑学派主观臆测的种种错误，从而使解剖学步入了正轨。可以 说，《人体机构》一书是科学的解剖学建立的重要标志。
维萨里这种勇于实践、寻求真理的精神和他这本书的发表引起了当时的解剖学 家和医生们的震惊。其中，也有一些不怀好意的人极力反对维萨里的观点，把人体 与狗的尸体混为一谈，造成很大错误的盖仑的后继者们更是疯狂地攻击维萨里。就 连他以前的老师西耳维也说他是“疯狂”。宗教的书报检查机关严密地检查了他的 解剖学著作，竟以荒谬的所谓的“根据”攻击维萨里。这“根据”就是：男人身上 的肋骨应该比女人少一根，因为圣经上说，上帝命令亚当抽去一根肋骨变成夏娃。 又胡说什么：每人身上都有一块砸不碎的复活骨，复活骨是身体复活的核心。维萨 里在书中说：人的股骨是直的，而不是像狗的那样是弯的。他们却在事实面前硬说 什么：人体结构自盖仑时代以来有了变化，人们现在之所以看到人的腿骨是直的而 不是弯的，是由于当代人穿紧腿窄裤把腿骨弄直的。假如不是人为的结果，在自然 状态下人腿还应该是弯的。这种可笑的辩解竟成为迫害维萨里的理由。
在教会的迫害下，维萨里不得不在《人体结构》一书出版的第二年，也就是在 1544年，愤然离开帕都瓦。
离开帕都瓦以后，维萨里来到西班牙，担任了国王查理第五的御医，从此中断 了对解剖学的研究。在西班牙，他度过了比较安宁的二十个年头。
尽管如此，教会的魔爪仍不肯放过他。有一次，他为西班牙的一位贵族做验尸 解剖，当剖开胸膛时，监视官说心脏还在跳动，便以此为借口，诬陷维萨里用活人 做解剖。宗教裁判所便趁此机会提起公诉，最后判了维萨里死罪。由于国王菲里普 出面干预，才免于死罪，改判往耶路撒冷朝圣，了结了此案。但在归航途中，航船 遇险，年仅50岁的维萨里不幸身亡。人体解剖学的创始人安德烈．维萨里就这样悲 惨地结束了科学家伟大的一生。