这样简单的自然力崇拜并不需要什么像样的组织形式，没有祭司和秘传的知识来阐释它，没有一套祭祀的仪式和精心设计的仪典来演示实践它，也无需特别的地点来用于崇拜，比如庙字之类。毫无疑问，每个一家、主同时也理所当然地是这个家庭的“祭司”，家庭庙宇无非是一处临时的小茅屋，紧挨着居无定所的临时住处。这种情形直到现代，还能在个别偏远的玛雅部族中看到。
随着农业生产方式的兴起（可能是由外部引进玛雅地区），出现了固定的居所和较多的闲暇。这时，玛雅宗教变得日益成体系，众神自己也越来越特殊。肩负向群众诠释、传达神的意愿等事务的祭司发展起来，一种对更加像样的宗教场所（圣地、庙宇）的需要增长起来。宗教成了一种少数人对多数人的事务。定居生活使得较为永久的仪式中心变得可能，也有信心去建立野心勃勃的圣地（花费长期艰苦的有组织的劳动），并发展更加精细的仪式。
许多个世纪，或许有几千年，就在这样的过程中流逝了。在这段时间里，玛雅宗教无疑变化相当缓慢，个性化的神祇在发端，祭司集团在形成，繁复的仪式和精致的圣地（还不是石料建筑）也逐渐确立。这段时期结束于玛雅历、纪年7 年或另一说76000年，也就是公元前353年或235年，其成果是玛雅人先进的农业，高明的历法编年和精致的象形文字。
确实，历法、编年和象形文字这三项祭司的发明专利，给玛雅宗教带来了重大的转折，使得它越来越复杂化和形式化了。一种独特的宗教哲学渐渐成型，它围绕着日益重要的天文现象，包含着历法编年中的神祇。考古发掘工作基本上证实了这种重大的宗教转折，公元前3世纪乃是其重要的时间标志。
从这以后，特别是材料较多的玛雅古典时期（下限为公元9世纪），玛雅宗教哲学并无重大变化。它相因相袭，几近千年而无改，也许是因为玛雅人把创造的潜能都宣泄到需要耗费大量人力、物力、精力、心力的石料建筑、雕刻中了。那种劳神费力的方式，乃是精神上不断重复的“论证”和“固化”。
到了公元4世纪，玛雅文化，主要是它的宗教哲学上鲜明的特征，已经牢固确立下来。在被认为是玛雅文明策源地的重要地区，如佩腾湖畔，玛雅宗教已成为一种高度发达的“迷信”。它以自然力量的日益人格化、越来越老熟的哲学的复杂融合为基础；天体被神格化，时间被用世所罕见的各种各样形式加以崇拜。这一由公众共奉的宗教，本质上却又是高度秘传的，由一个组织严密的包括天文星象家、数学家、先知预言家和精通仪式者的祭司集团掌握和诠释。随着它与社会生活越来越复杂地交织一起，则又派生出世俗的力量参与诠释和主持，这也就是巫王共源的文化史一般规律在玛雅的体现。
10世纪以后的后古典时期，政治与宗教的联姻日见明显，这或许也有外来军事征服导致宗教冲突、变异的因素。墨西哥中部来的托尔特克人带来了人祭和偶像崇拜等较低级的东西。据古典期各种雕刻的和平主义宗旨看（几乎没有人祭），那时的玛雅宗教必定是庄严堂皇的，而不会像人祭那样恶心残暴。在古典期这个玛雅文明黄金朝代，似乎也没有广泛使用偶像，无论是石头的、木质的还是陶制的。而我们知道，宗教发展到较高级阶段则会日益抽象化，日益针对人的心灵。比如说基督教就反对偶像崇拜，上帝无须经过世俗形象也能在人的内心生根。而中国先秦也是因为不崇拜具象的神灵才促进了理性主义、人本主义。
以10世纪为转折，玛雅宗教略失水准。除了继续建造公共的大型宗教建筑和偶像之外，政治贵族、宗教祭司和社会要人们也在他们自家设立小型祈祷场所和私人的偶像，他们自己私下做祷告和献祭。他们的偶像实在太多了，显得神祇都不够用了，因为他们几乎把每一种动物或昆虫都做成一种塑像。
一位17世纪的西班牙传教士在描写佩腾－伊扎湖畔最后一个独立的玛雅城堡塔亚沙尔（Tayasal）时写道：“他们的公共偶像，就像鳞次栉比的街道房屋一样多。”有人说玛雅偶像有10万个以上，甚至有人说上百万个。即使这两种说法夸大其辞、言过其实，但也不必细数，几乎所有当年游历过玛雅地区的著者全都同意有着巨大数量偶像存在。实际上，每个玛雅人，无论是贵要还是祭司，无论是富人还是穷人，全都有他自己私人的偶像崇拜物。
在这一大群神灵中，许多是专职祭司的创造物，我们不妨称这种“创造”乃是祭司们欺骗人民的手段。普通玛雅人，那些种玉米的农夫用血汗换来了整个庞大复杂的政治、社会、宗教体系。他们认为他们之所以活着，是得了雨神恰克（chac）之恩赐；神一发怒，他们也就要遭殃了。这样一套观念及其在世俗生活中的功能，构成了玛雅人世界的“真实”。
各显神通的神，各有所求的人
一位哲人说过，人因为有所求，才产生了神；人因为有所惧，才抬高了神。
玛雅人的宗教信仰也同样遵循这样的规则。他们为自己各种各样世俗的愿望寻找超自然的帮助，这从他们献祭的方式可以得到证明。他们的献祭行为是为了讨好神灵，带有“等价交换”的色彩。他们献上食物、烟草、果子、蜂蜜、鱼肉、羽毛、兽皮、贝雕、玉器、挂饰等等，有时也献上活的动物，甚至活人血祭。至于献什么，往往与他们愿望的紧迫程度有直接关系。若是一般为了治病疗患、解决麻烦、打猎有获之类事情，那么献上一点食物、饰品也就可以了。若是为了请神灵关怀大事，如洪水、瘟疫、蝗灾（频繁发生）、饥荒等等，那么就不惜流血了。尤其是向雨神祈雨，更是非人牲献祭不可。
为了人神之间的这种“等价交换”关系，无论个人还是整个部落都发展出一套适合需要的仪式。通常每个仪式都要经过六个阶段。（1）先行斋戒的节欲，包括对主祭祭司和本人暂时禁忌性生活，这是精神上洁净的象征；（2）预先通过祭司占卜来择定吉日，玛雅观念中每一日都由特定的神灵专门分管；（3）先行驱逐参加仪式礼拜的人当中的邪恶精灵；（4）对着崇拜物焚香；
（5）祈祷，向神灵提出要求，等到开列完“货单”之后，就该轮到“支付货款”了，于是第（6）项是献祭。献祭的最为虔诚做法，当然少不了用鲜血。牺牲流出的血涂在神灵偶像的脸上。涂血的恶习常常使得祭司们污臭不堪，因为他们自己也涂血，以致他们的头发常因凝血而板结，像乱蓬蓬的令人恶心的臭拖把。
大多数玛雅宗教崇拜仪式都是以酒宴告终，通常烂醉狂欢是必不可少的尾声。这表明，神灵听取了人们的诉求，显示了神通，人们也就心满意足，要好好庆贺一番了。
人们需求的多样性，也就使得神灵五花八门。玛雅各种级别、各种法力的神灵多如牛毛，几乎每一个事物都有它自己的神灵。当然，在这庞大的神族里，最有力量，最常被人祈求的神灵并不太多。也就十来个神祇参与大多数崇拜仪式，而其他神灵只限于在特殊的场合或为特殊的需要才被求助。
让我们从存世的几种玛雅经卷，即本书《焚书不尽，智慧千古》节所列的几种，看看究竟哪些神祇构成了玛雅神系的主干。根据在经卷抄本中的出现频率，共有10个神祇地位显赫。
胡纳伯·库（Hunab Ku）是创世神，但这位造物主被架空了，他对人们生活无甚影响，也许是太遥远、太抽象了。玛雅人倒是对这位造物主的儿子——造人的天神伊扎姆纳（Itzamana）特别崇拜，他在仅存的几部经卷中就出现103次。