权威们粗暴的指责、学者们狭隘的妒嫉、医生们轻蔑的嘲讽，这种种偏见汇聚 成一股巨大的浪潮，再加上实验中的失误，使年轻的梅契尼柯夫承受了沉重的精神 压力，饱尝了被人漠视的苦闷。在这种情况下，梅契尼柯夫一度动摇了，甚至还想 到自杀。
这时，一位朋友出了一个主意，劝他请长假，获准后梅契尼柯夫到维也纳参加 一次学术会议，继续宣传他的吞噬理论。会后，梅契尼柯夫由维也纳去巴黎，被介 绍给巴斯德。他向这位微生物老专家畅谈了自己发现的吞噬现象，将吞噬细胞与微 生物之间的生死搏斗，讲得活灵活现、有声有色… 。六十高龄的巴斯德在听了他 的谈话以后，深感兴趣，并表示赞许地说：“梅契尼柯夫教授，我与你所见略同。 我曾观察到的种种微生物间的斗争，使我深有所感。我相信你走的是正路”。
正当梅契尼柯夫苦闷与失望之际，独具慧眼的巴斯德给予了热情支持与真城帮 助， 使濒于绝望的梅契尼柯夫产生了绝路逢生之感。 他鼓足勇气激动地请求道： “这里有没有给我的位置？我只希望在你的实验室时工作，当个名誉职工”。尽管 巴斯德所说的微生物之间的斗争同吞噬理论毫无共同之处，但这位伟大学者已经预 感到吞噬理论的巨大价值，当即爽快地回答：“你不仅可以到我们的实验室来工作， 而且你应该有一个自己的实验室！”
由于巴斯德和梅契尼柯夫具有相同的思维方法，这使他们经过初步的交流后就 一拍即合。巴斯德在科学研究中具有很强的直觉能力，有时在作出实验结果之前， 就已经提出了大胆而正确的设想，然后再进行实验加以证实，并回答批评者。正是 这种可贵的直觉能力，使巴斯德能够在实验资料尚不充分的情况下，科学地预测天 吞噬理论的前途和意义，果断地给予支持，表现出一位导师的不凡气度。
在巴斯德热烈的支持与鼓舞下，梅契尼柯夫一扫绝望与苦闷之情，毅然放弃了 敖德萨研究所的优厚薪金，投身到巴斯德研究所，踏上新的科学征程。
1891年，在英国化敦将要举行世界医师大会，会议的中心议题是辩论微生物和 免疫理论。 为了迎接即将到来的论战，梅契尼柯夫和实验室的所有人员9包括他的 妻子奥尔加在内）都在紧张而有秩序地工作着。一只换独角犀牛、甲虫、绿蛙、鳄 鱼、鲈鱼、鲍鱼、美西螈的体内被注了细菌，又被取样放在显微镜下仔细观察。梅 契尼柯夫完全沉浸在为科学献身的忙碌之中。
这时，有一位德国微生物学家发表文章宣称：梅契尼柯夫的吞噬细胞虽然能够 吞噬微生物，但它们不是防守者，只是清道夫——它们只能吞吃死的微生物。言下 之意还是吞噬细胞没有免疫功能。
反对者的意见虽然有些令人恼火，但也会起到积极作用。一个冷静的、严肃的 科学家应该善于利用论敌的挑剔将自己的理论推向新的高度。
梅契尼柯夫此时对自己的理论充满自信，他不久又设计出新的实验：他将霍乱 弧菌注入豚鼠体内，几天之后将这些豚鼠杀死并剖开，用一支玻璃吸管吸到含有吞 噬细胞的粘液，放在显微镜下观察。过了一会儿，离体的吞噬细胞死亡了，破裂开 来，被它吞下去的霍乱弧菌飞跑出来。为了证明这些被吞下又飞跑出来的霍乱弧菌 是活的，并能使人致病，梅契尼柯夫将这些霍乱弧菌注射到健康豚鼠体内，不久这 些豚鼠就被霍乱夺去了生命。这个实验令人信服地证明，吞噬细胞确能吞噬活的微 生物。
为了揭示人体吞噬细胞的功能，梅契尼柯夫和他领导下的助手们，都不顾牺牲 生命的危险，吞服了霍乱弧菌，而他自己吞下去的比谁都多。他的助手朱彼勒竟因 此死于霍乱。梅契尼柯夫对朱彼勒的牺牲，非常惋惜，他悲痛地说：“朱彼勒死了， 我也决不活下去”他曾几次自杀，只是由于贤慧的妻子奥尔加日夜提防才得以幸免。