出于对时局和社会心理状况的分析，张之洞一向认为“化除满汉畛域”是推行“新政”的首要内容，不如此便难以抵制民间日益高涨的“革命排满”思想，无法平息积怨二百余年的民族矛盾，也不利于调动汉族地主阶级的庞大力量来拱卫统治秩序。还在光绪三十年（1904年）元月，张之洞完成在京纂修学堂章程之命，返回湖广总督任前陛辞请训，便已“力请化去满汉畛域，以彰圣德、遏乱端”①，但慈禧以“朝廷本无畛域之见，乃无知妄加揣测耳”，将其驳回。此次张之洞以大学士、军机大臣身份再次犯颜直谏：“欲御外侮，先靖内乱，探源扼要，唯有请颁布告天下，化除满汉畛域。”②鉴于国内实际早已存在、且日益严重的革命排满危机，慈禧这次不得不采纳之洞的建策，于八月初二日发布上谕，一方面继续自我美化，声言开国以来对“满汉臣民，从无歧视”，指责民众“犹存戒心，自相纷扰”，另一方面不得不从事实上承认“满汉畛域”的存在，“究宜如何化除，著内外各衙门，各抒所见，将切实办法妥议具奏，即予施行。”③此后，清廷也确实作出种种姿态，如取消满汉异法，允许满汉通婚等，以图化解尖锐的民族矛盾。
但是，清末满清贵族集团早已失去其先辈开拓、进取的博大胸襟和气度，而随着其统治秩序的江河日下，他们囿于极端狭隘的集团私利的民族猜忌心理，更发展到病态的程度。光绪三十四年（1908年）十月，光绪、慈禧几乎同时死去。年仅三岁的爱新觉罗·溥仪即位，是为宣统皇帝。其父醇亲王载沣任摄政王，皇室乘机集权，排斥汉官。载沣自统禁卫军，代行大元帅职，其弟载涛、载洵分充训练禁卫军大臣和筹备海军大臣。对于“少年贵胄骤起以操持大事”，张之洞出于公心，“固争以为不可”①，并因此与载沣等发生激烈争论，终因“孤掌难鸣，不得已而萌退志，告病数月，竟至不起矣。②”
张之洞入廷枢后的另一重要举动，是谏阻诛戮袁世凯。
载沣、铁良、良弼等满贵集团加紧集权，目标首先针对手握重兵的袁世凯。光绪三十二年（1906年），袁世凯提出取消军机处，设责任内阁，铁良等坚决反对，另提出设陆军部统辖全国军队，军权“集于中央”，借以削弱袁的势力。双方“舌剑唇枪，互不相下”，以至时人担忧，“恐酿大政变”③。后经慈禧决定，否决责任内阁之议，仍设军机处，并于公布各部新官制时，宣布各部尚书“满汉平等”，而实际上却是满族亲贵“联翩而长部务，汉人之势大绌”④，铁良出任陆军部尚书，掌握中央军权。
光绪三十四年（1908年），慈禧死去，袁世凯的地位更加岌岌可危。对此袁世凯早有预见：“朝中公正老臣都已谢世，朝政尽入贵胄之手，弟此次得跻高位者，赖有太后之宠眷耳。然而慈宫春秋已迈，犹如风中之烛，一旦冰山崩，皇上独断朝政，岂肯忘怀昔日之仇，则弟之位置必不保。”⑤袁世凯于戊戌年间出卖光绪帝，素为帝系贵胄所切齿。而光绪之死，又盛传系袁世凯毒害所致，所以光绪之弟载沣摄政，大权在手，便一心为其兄复仇，必诛袁而后快。对于宫廷内部错综复杂的利害关系，张之洞了然于胸。虽然袁、张之间也有隔阂，但毕竟二人同人军机，在革除朝弊、推行“新政”方面颇多共同语言，而且又因同为廷枢汉官，而受到满族亲贵集团的疑忌，因此二人又有同病相怜之感，彼此援引，“深相结纳”①。
慈禧临终之前，安排后事，由溥仪继帝位，其父载沣摄政，征求袁世凯的意见，袁“一力赞成”②。并派其子袁克定密告英国公使朱尔典，朱称“目前似无较此为佳的安排”。袁又将此话转告载沣，企图借列强之势巩固自己的地位，同时也含有希望载沣念其拥戴之功，抛弃夙怨之意。但是，载沣并不买帐。他摄政不久，即以袁世凯瞒着自己与美国谈判互派大使为口实，密谋杀袁。满贵集团极力怂恿：“从前袁所畏惧的是慈禧太后，太后一死，在袁心目中已无人可以钳制他了，异日势力养成，削除更为不易，且恐祸在不测。”③载沣又征求奕劻、张之洞的意见，奕劻表示反对，张之洞也说：“主少国疑，不可轻于诛戮大臣。”他的想法是：“主上冲龄践祚，而皇太后启生杀黜陟之渐，朝廷有诛戮大臣之名，此端一开，为患不细。吾非为袁计，为朝局计也。”④载沣认为此言有理，便于宣统元年（1909年）元月二十一日发布上谕，称袁“现患足疾，步履维艰，难胜职任”，“着即开缺回籍养疴，以示体恤之至意。”①袁世凯虽对此恨得牙根发痒，但也只得忍气吞声，作韬晦计，返回故乡河南，以图东山再起。
张之洞谏阻诛戮袁世凯，本意是缓和权力核心内的满汉矛盾，避免祸起萧墙。然而此举并未能挽回清王朝的颓势，却使袁世凯日后复出窃国成为可能，这又是之洞所始料未及的。
①胡编《年谱》卷六。
②胡编《年谱》卷六。
①胡编《年谱》卷五。
②胡编《年谱》卷五。
③《东方杂志》1907年第8期，上谕。
①胡编《年谱》卷六。
②《张文翼公大事记·体仁阁大学士张公之洞事略》。
③张一麐：《心太平室集》卷八，第38页，1947年刊本。
④恽毓鼎：《崇陵传信录》。
⑤《与兄世勋书》，《袁世凯家书》第42—43页。
①张一麐：《古红梅阁笔记》。
②沈祖宪等编纂：《容庵弟子记》卷四。
③载涛：《载沣和袁世凯的矛盾》，《辛亥革命回忆录》（六），第324页。中华书局1961年版。