周后和田妃领旨退出乾清宫，尽管都称颂皇上的处置十分妥当，却没有消除她们各自心中的迷雾疑云。
黄昏时候，锦衣卫使吴孟明来到乾清宫，向崇祯禀报薛国观已经于今天下午逮到北京，暂时住在宣武门外一处僧舍中。崇祯的脸色阴沉，说：
“知道了。你暂回锦衣卫候旨。”
两个月前，薛国观被削籍为民，回陕西韩城原籍。崇祯心中明白关于薛国观贪贿的罪案，都难坐实，所以仅罚他赃银九千两。在当时贪污成风，一个大臣即令确实贪贿九千两，也是比较小的数目，没有处死的道理。只是由于五皇子一死，崇祯决定杀他以谢孝定太后“在天之灵”，命锦衣飞骑追往他的原籍，将他逮进京来。
晚上，浓云密布，起了北风，浙浙沥沥地下起雨来。约莫二更时候，崇祯下一手诏将薛国观“赐死”。将近三更时候，奉命监视薛国观自尽的御史郝晋先到僧舍。薛国观仓皇出迎，问道：
“君半夜冒雨前来，皇上对仆有处分么？”
郝晋说：“王陛彦已有旨处决了。”
薛猛一惊：“仆与王陛彦同时处决么？”
郝晋说：“不至如此。马上就有诏来。……”
郝晋的话还未说完，一位锦衣卫官带着几名旗校到了。那锦衣卫官手捧皇帝手诏，高声叫道：
“薛国视听旨！”
薛国观浑身战栗，立即跪下，听锦衣官宣读圣旨。圣旨写不出将他处死的重大罪款，只笼统地说他“贪污有据”。手诏的最后写道：“着即赐死，家产籍没。钦此！”薛国观听到这里，强装镇定，再拜谢恩，随即从嘴角流露出一丝冷酷的微笑，说：“幸甚！幸甚！倘若不籍没臣的家产，不会知道臣的家底多大！”他直到现在还不知道自己被处死的真正原因，于是从地上站起来，叫仆人拿出一张纸摊在几上，坐在椅子上提笔写了一行大字：
“谋杀臣者，吴昌时也！”
锦衣旗校已经在屋梁上绑好一根丝绳，下边放着三块砖头。郝晋因见丝绳很细，说道：
“相公①身子胖大，恐怕会断。”
①相公——古人对宰相的称呼。
薛国观起初对于死十分恐怖，现在好像看透了一切，也预料崇祯未必有好的下场，心情忽然镇定了。他从椅子上站起来，亲自站在砖头上将丝绳用力拉了三下，说：“行了。”郝晋和锦衣旗校们没有人能理解他在临死的片刻有些什么想法，只见他似乎并无威容，嘴角又一次流露出隐约的冷笑。他将脖子伸进丝绳套里，将脚下的砖头踢倒。
崇祯登极十三年来杀戮的大臣很多，但杀首辅还是第一次，所坐在乾清宫的御案前批阅文书，等候锦衣卫复命。三更过后不久，两个值班的司礼监秉笔太监走到他跟前，启奏锦衣卫官刚才到东华门复命，说薛国观已经死了，并将薛国观临死时写的一句话摊在御案上。崇祯看了看，问道：“这吴昌时好不好？”虽然两位秉笔太监和侍立身边的两个太监都知道吴昌时在朝中被看成是阴险卑鄙的小人，但他们深知皇上最忌内臣与外廷有来往，处处多疑，所以都说不知道，不曾听人谈过。