崇祯自认为是以孔孟之道治天下，而黄道周是当时有名的理学大儒，所以故意拾取宋儒朱熹之流常讲的“天理人欲”的牙慧，批评黄道周，好像忽然找到了一件锋利武器。然而黄道周今天在他面前犯颜廷争的是万分急迫的实际问题，所以不愿多谈“天理人欲”的道理，倔强地回答说：
“臣，臣，臣如何可以不言？臣读书数十年，于天人义利之辨，稍有所知。惟以忠君爱民为心，不以功名爵禄为怀。臣多年躬耕田拢，胼手胝足，衣布衣，食粗食，清贫自守，不慕荣利，天下人所共闻，岂因未曾人阁而始攻嗣昌！”
崇祯自知责备黄道周有点理亏，虽然神色仍然十分严峻，却用稍微缓和的口气说：“清白操守，固是美德，但不可做物，不可朋比。古人说伯夷为圣之清者，你比伯夷如何？朕知道你有操守，故屡次将你斥逐，究竟还想用你。没想到你偏激矫情，任性放肆，一至于此！姑念你是讲官①，这一次宽恕了你。以后不准再攻讦大臣，阻挠大计。下去吧！”
①讲官——为皇帝讲书的官。
黄道周担心朝政这样下去，将有亡国之祸，所以才昧死直陈，希望有所挽救。他是宁死也不愿看见大明亡国的。现在见皇上并不体谅他的忠心，又不许他继续说话，他几乎要痛哭起来，大声说：
“陛下！臣句句话都是为君为国，不存半点私心。‘夫民犹水也，水能载舟，亦能覆舟’。臣恐陛下如此一意孤行，必将使人心尽失，四海鼎沸，国事更不可收拾！”
“出去候旨！”
“征练饷，祸国殃民。臣今日不言，臣负陛下，亦负天下万民。陛下今日杀臣，陛下负臣！”
黄道周虽然没有明言将会亡国，但是崇祯十分敏感，从“臣负陛下”四个字听出来这种含意，不禁勃然大怒，动了杀他的心，拍案喝道：
“黄道周！尔如此胡搅蛮缠，争辩不止，全失去臣子对君父体统，实在可恶！你自以为名望甚高，朕不能治你的罪么？哼！少正卯也是闻人，徒以‘心逆而险，行僻而坚，言伪而辩，记丑而博，顺非而泽’，不免孔子之诛。今之人多类此者！”
“臣平日忠孝居心，无一毫偏私，非少正卯一类人物。”
崇祯一想，黄道周是个大儒，确实不是少正卯一类人物，所以尽管十分震怒，却是表现了破天荒的容忍，打算把道周喝退出朝，再议他一个罪名，贬他到几千里外去做个小官，永远不叫他重回朝廷。他怒视着道周，厉声喝道：
“黄道周出去！”
黄道周叩头起来，两腿酸麻，艰难地扭转身，踉踉跄跄地向外走去。崇祯望着他的脊背，想着自己对国事万般苦撑竟不能得他这样的大臣谅解，不由得叹口气，恨恨地说：
“黄道周一生学问，只学会一个‘佞’字！”
道周立刻车转身，重新跪下，双手按地，花白的长须在胸前索索战抖。他沉痛而倔强地说：
“皇上说臣只学成一个‘佞’字，臣愿把‘忠、佞’二字对皇上剖析一下。倘若说在君父前独立敢言算是佞，难道在君父前谗谄面谀为忠么？忠佞不别，邪正淆矣，如何能做到政事清明！”
“你不顾国家急难，不思君父忧劳，徒事口舌之争以博取敢谏之名，非‘佞’而何？”